Global Natural Product Social Molecular Networking (GNPS)

Accueil Vos besoins Valoriser ses données Déposer ses données en ligne : où et comment ? Global Natural Product Social Molecular Networking (GNPS)

• Domaine(s) Chimie, Spectrométrie
• Site https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/static/gnps-splash.jsp
• Institution porteuse Université de Californie à San Diego
• Lien avec les publications

  Non obligatoire

• Certification(s) Aucune
• Identifiant pérenne Aucun
• Licence(s)

  CC0 par défaut (domaine public).

• Possibilité d'embargo

  Les données déposées dans GNPS ne sont pas publiques par défaut.
  L’auteur du dépôt a la possibilité de partager l’URL de ses données à des tiers pour consultation s’il ne souhaite pas les rendre publiques.

• Standard des métadonnées

  Plusieurs standards sont acceptés :
  – le ReDU Sample Information Template utilisant le format tsv (tab-separated file).
  – un lien Google Sheets se conformant à la structure de l’entrepôt (exemple).
  – un fichier .txt en séparant bien les colonnes avec des tab.

• Type de données

  L’entrepôt accepte les fichiers de spectrométrie de masse aux formats : .mzXML, .mzML, .mgf
  Les formats suivants ne sont en revanche pas acceptés : .mzData, .xml, .raw, .RAW, .wiff, .scan, .d, .cdf

  Un guide de conversion de fichiers de spectrométrie de masse est disponible ici, notamment pour aider à convertir des formats propriétaires en formats ouverts.

  D’autres types de données acceptés par l’entrepôt sont décrits sur cette page.

• Services associés

  De nombreux d’outils d’analyse de spectres sont accessibles directement depuis la plateforme. La liste est disponible ici.

  GNPS est interconnecté à l’entrepôt MassIVE (financé par le NIH), permettant l’accès et le dépôt de jeux de données de spectrométrie de masse.
  Depuis GNPS il est possible d’accéder à des jeux de données de MassIVE, les analyser et même déposer ses données dans MassIVE.

• Coût Gratuit
• Contacts

  Contacter l’administrateur : ccms-web@cs.ucsd.edu

  Forum : https://groups.google.com/g/molecular_networking_bug_reports