8 types of electronic laboratory notebooks
We have performed a benchmarking of several solutions, mainly but not only intended for chemists. Features, safety, hosting, cost, etc. Here is a description of existing possibilities. Coso has formulated recommendations for the choice of electronic laboratory notebooks, as well as a grid of criteria for choosing an electronic laboratory notebook: https://www.ouvrirlascience.fr/cahiers-de-laboratoire-electroniques/?menu=3
Catégories | Critères | 1. eLabFTW (open source) | 2. Chemotion (open source) | 3. Mbook | 4. LabCollector | 5. eLabJournal | 6. FindMolecule | 7. LABY | 8. Research Space |
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Général | Société | Porté à l’origine par l’Institut Curie | Institut de technologie de Karlsruhe (Allemagne). Projet financé sur fonds publics (financement fédéral de la Deutsche Forschungsgemeinschaft notamment). | Mestrelab (Espagne) | AgileBio (France, Paris) | Appartient à Bio-ITech BV (Groningen, Pays-Bas et États-Unis), filiale de la société allemande Eppendorf, spécialisée dans le matériel de laboratoire.
| FindMolecule inc. (Sherbrooke, Québec) | KYLI (Montpellier, France) | Research Space (Édimbourg, UK) |
Domaine d'application | Générique | Chimie réactionnelle | Chimie | Générique, mais modules adaptés pour la chimie et autres disciplines (également possible de créer des modules) | Générique et adapté à la R&D | Chimie et biologie | Générique adapté à la R&D (biologie, chimie analytique, physique) | Générique, mais particulièrement adapté à la biologie | |
Plateforme | Client Web | Client web | Client web | Client web | Web, application mobile | Client web | Client serveur | Client web | |
Stockage des données | Plusieurs solutions : | Installation et hébergement sur un serveur en local. | – AWS (Amazon Web Services) en Irlande | – Serveurs français chez Orange, en région Parisienne | Cloud d’eLabNext : les données des clients européens sont stockées sur des serveurs aux Pays-Bas et en Irlande. Bio-ITech est certifié ISO/IEC 27001:2013, assurant une forte sécurité des données. Cloud privé : le client peut choisir un cloud AWS de son choix. Pas d’informations sur la possibilité de choisir un autre fournisseur. Localement : outil installé sur les serveurs propres du client avec les sauvegardes et la maintenance à sa charge. | Serveurs aux USA, mais Europe possible (France avec OVH, Allemagne, Suède, Irlande, Angleterre) Installation locale possible avec un surcoût annuel | Plusieurs solutions d’installation et hébergement | – Local | |
Capacité de stockage | – Limité à votre propre espace (possible de restreindre l’espace via le panneau administrateur) | Limité à l’espace disponible en local. Recommandés 300 GB (37.5 Go) , ajouter 100 GB (12.5 Go) par spectromètre si on prévoit de stocker les données spectrales dans l’ELN, ceci juste pour l’installation de l’outil. | 4 Go par utilisateur (cloud) | | 20 Go par utilisateur. La capacité de stockage peut être augmentée si nécessaire. | | Limité à votre propre espace | Indiqué comme sans limite | |
Fonctionnalités | Organisation du cahier | – Organisation en projets et équipes | – L’objet de base est l’échantillon (SAMPLE, incluant structure moléculaire, pureté, concentration, données analytiques). Pour une molécule donnée (associée à un CAS, une structure) il existe autant d’échantillons que de flacons disponibles. Les échantillons sont associés à des réactions en tant que réactifs, réactants et produits (avec calcul du tableau de charges ) – Pour un utilisateur, ses échantillons et ses réactions sont organisés en collections ( 1 collection = 1 projet par ex.) – Travail en équipe : chaque collection peut etre partagée par l’utilisateur avec un autre utilisateur ou groupe d’utilisateurs. Il y a une hiérarchie de droits accordés lors du partage (lecture, écriture, jusqu’au transfert total de la propriété d’une collection, ce qui permet de gérer le départ d’un utilisateur). Possibilité d’échanger des commentaires attachés à une réaction | S’organise hiérarchiquement comme suit :
| S’organise comme suit : – Cahier (nombre infini de cahiers) – Possible d’ajouter et d’attribuer des tâches | Le cahier est organisé en projets, études, expériences. La page de description des expériences fonctionne par ajout de sections : texte (paragraphe, commentaire, protocole), objets de l’inventaire (échantillons), données (feuille Excel, tableur, dessin, structure chimique) et pièce jointe (image, fichier). Chaque expérience possède un statut : en train d’être modifiée, terminée, etc. Il est possible de créer des templates de protocoles/procédures et de les ajouter à l’expérience. Des commentaires peuvent être ajoutés sur des sections de l’expérience. | – Editeur de texte pour décrire les expériences en chimie ou biologie | – Organisation par départements et projets avec plusieurs niveaux | – Le cahier peut être organisé par thème ou par projet |
Duplication des expériences | – Duplication des expériences possible | Oui. Copie puis modification d’un échantillon ou d’une expérience. | Oui | – Oui possibilité de les dupliquer et créer des templates | Oui. | Oui, possible de “cloner” les expériences et de choisir quels paramètres garder | – Possibilité de dupliquer la structure d’un projet, d’une expérience ou d’un test | Oui, et templates disponibles | |
Gestion des stocks | Fonctionne avec le principe des “items” (on peut créer ce que l’on souhaite, mais le logiciel ne contrôle pas ce qui est créé) : produits, équipements, etc | Le catalogage des stocks d’échantillons à l’échelle d’un laboratoire est facile avec l’ELN. Les données sur un échantillon sont : structure chimique (recherche par sous-structure), pureté, données de sécurité, localisation (propriétaire du flacon, détail du lieu de stockage, nom de l’emprunteur). | – Base de données configurable pour stocker les échantillons | – Inventaire des équipements, échantillons, composés | Module de gestion des échantillons avancé. | – Inventaire séparé en deux catégories : équipements et composés (d’autres types doivent être implémentées : cellules, produits de synthèse commerciaux) | – Capacité de gérer les stocks avec produits, lots et articles et leurs quantités. | Oui | |
Scan codes barres | Non | Code barre et QR code générés pour chaque échantillon. Rappel de la fiche échantillon en scannant le code barre. | Non | Oui | Oui, l'outil possède un module poussé de configuration des barcodes. | Possible de créer des templates de barcode personnalisables | Oui, un QR code est associé à chaque élément existant dans l'outil | | |
Attachement de fichiers | – Possible d’attacher n’importe quel type de fichier à une expérience | – Possible de gérer des fichiers texte, des données ou des images (écriture dans l’ELN ou hyperliens) – Outils ChemSpectra inclus : fichiers de données spectrales brutes stockés dans l’ELN, avec logiciel de traitement interne – Fonctions de transfert automatique des fichiers d’un spectromètre vers l’ELN | Possible de joindre n’importe quel type de fichier | Oui tout type de fichier | Oui. | Attachement de fichiers en version payante uniquement | Rattachement de tous types de fichiers avec aperçu des documents | Documents Office, images, PDF… | |
Fonction recherche | Par tags, expériences, par statut de l’expérience (finie, en cours, etc), recherche plein texte sur le titre ou le contenu d’un objet | – Par numéro CAS, identifiants SMILES, InCHI, label, opérateur – Par structure et sous-structure également | – Recherche basique (texte, date, auteur) | – Recherche via arborescence, tag, recherche plein texte | Recherche des expériences via le menu de navigation hiérarchique (projet, étude, expérience), | – Recherche avancée possible, ainsi que recherche par structure et sous-structure | Recherche générale dans tout le système d’information. | Recherche par sous-structure possible | |
Dessin de molécules | ChemDoodle (mais ne remplace pas un outil comme Marvin) | Éditeur de structures dérivé de Sketcher (open source) ou ChemDraw si licence valide. Les molécules sont décrites par les identifiants standard (SMILES, inCHI, jmol), donc transferts de structure vers ChemDraw facile. | Marvin JS | Diagram designer pour les réactions chimiques et schémas d’expériences | Marvin JS (doit être activé) | Oui, éditeur développé par FindMolecule. Il est possible de copier-coller depuis ChemDraw. | Edition des molécules avec Marvin et intégration dans les documents de LABY | Marvin JS | |
Workflow | Non | Non | Workflow adapté à la chimie de synthèse (projets, réactions, expériences) | Possible de définir des workflows spécifiques à des expériences | Oui, le workflow est ajustable grâce à la mise à disposition du SDK (Software Development Kit). | | Oui : gestion et validation de documentations qualité, processus de validation des expériences avec rapport des études | Par thème, projet, expérience | |
Autres outils & fonctionnalités | – To do list disponible (rappelle des tâches pas encore terminées) | – Onglet RMN – Possible de créer et planifier des réactions (sélectionner les réactifs et rentrer les quantités) – Cadre pour écrire une description de ces réactions – Base de données de molécules indexée selon l’InChIKey – Différenciation entre les échantillons et les molécules (grâce à des bases de données différentes) – Calculs de quantités automatiques – Champs de recherche d’une publication par DOI | – Calculs stoechiométriques | | Il est possible de modifier directement des fichiers à partir du logiciel. L’outil ouvre en réalité le programme présent sur votre ordinateur associé au format, et le retélécharge après modification. Un certain nombre de formats sont supportés : ChemDraw, les formats LibreOffice et Microsoft Office, Jupyter Notebook, SnapGene, ImageJ, Graphpad. Il est également possible de personnaliser et ajuster chaque une grande partie des fonctionnalités de l’outil avec la mise à disposition du SDK (Software Development Kit). En savoir plus ici. | – Notifications quand des produits arrivent à expiration | – Gestion bibliographique : importation de la bibliographie avec recherche automatique des métadonnées ; possibilité de créer des collections personnalisables par projet et par thématiques ; prévisualisation des publications ; ajouts de tags ; partage des ressources entre collaborateurs. | | |
Authentification utilisateur | LDAP, SAML2 | SSO (Single Sign-On) | Création d'un compte utilisateur. La version in-house de l'outil ne permet pas de réinitialiser son mot de passe automatiquement. | LDAP, CAS, SAML2 | | SSO à venir | LDAP | LDAP | |
Gestion des rôles et des droits | – Administrateur gère les droits des équipes | Différents niveaux de permission et d’accès, définis par l’utilisateur, à ses données. L’administrateur peut reprendre “de force” les droits sur les collections d’un utilisateur ce qui permet la gestion des départs d’un utilisateur. | Permissions en fonction du rôle : Les Group Manager et Project Manager peuvent assigner une expérience à un autre utilisateur du même groupe. | Permissions en fonction des rôles : utilisateur, admin cahier, administrateur, super-admin | L’utilisateur peut définir ses propres rôles. Pour chaque rôle, on affecte les actions permises depuis la liste des actions de l’outil. Il peut y avoir autant de rôles que l’on souhaite. | – La gestion des droits fonctionne hiérarchiquement. Chaque utilisateur peut décider (si l’administrateur lui en a donné les droits) de partager des projets ou les expériences à l’intérieur des projets, et à qui les partager. | Gestion avancée des droits | – Gestion administrateur des groupes dans la version payante | |
Travail collaboratif | – Différents utilisateurs peuvent travailler sur un même projet, expérience | Très adapté à un travail en équipe avec le partage de collections. | Oui | Partage des ressources possible au sein d’un même labo | Les utilisateurs peuvent inviter d’autres utilisateurs pour travailler sur une expérience.
| – Possible de partager des projets et expériences (version payante) | – Gestion de projets par équipe | – Oui, édition collaborative des documents/protocoles | |
Tableau de bord | Statistiques d’utilisation du cahier | | Les Group Manager et l’administrateur ont accès à un tableau de bord récapitulatif de l’activité des utilisateurs dans l’ELN. | Tableaux de bords avec les workflows | | | Tableau de bord par module : Tableau de suivi des activités de l’utilisateur sur la page d’accueil. | | |
Logiciel ou modules supplémentaires | Éditeur intégré de fichiers JSON | Possible d’associer un compte Zotero. | – Fonctionne avec le logiciel Mnova Il est nécessaire d’avoir une licence valide de ces deux outils pour les faire fonctionner avec l’ELN.
| – Architecture modulaire : 13 modules de base, possible d’ajouter des modules (dont ELN et modules de chimie) – Module scpécifique de gestion des échantillons – Possible de désactiver les modules qu’on n’utilise pas (pour plus de visibilité) – Outils de gestion de projet (GANTT, PERT) | Microsoft Excel, Dropbox, Google Drive, Google Translate, Mendeley… voir la liste complète. | Intégration de feuilles de calculs Excel dans l’éditeur d’expérience. | Capacité d’interconnexion avec : Empower (données chromatographiques), Office, Pymol, … | – Google Drive, Dropbox | |
Lien avec bases de données externes | N’existe pas actuellement, mais a été demandé sur GitHub (date de réalisation non-connue à ce jour) | – Possibilité de lien avec la base Sci-finder lors de la manipulation d’un produit chimique si les accès à cette base sont valides – Bouton pour accéder à PubChem pour chaque molécule dans la base. Récupération automatique des données de sécurité disponibles dans PubChem – Outils de récupération rapide de FDS et extraction des codes de risques | Travaillent actuellement à l’incorporation de bases de données externes (PubChem, eMolecules…) | Lien avec PubMed et PubChem | | Utilisation de PubChem pour les fiches dans la gestion des stocks | A évaluer avec l’éditeur | Possibilité de créer des liens avec vos bases de données institutionnelles, voir avec le support, et disponible uniquement en version entreprise | |
Lien avec entrepôts de données | Non | Lien avec Chemotion-repository. | Non | Non | | Non | | – Dspace, Dataverse, Figshare | |
Import | – CSV, ZIP, import des templates pour les expériences
| Importation d’échantillons en format SDF et Excel (tous détails, modulable). Importation de collections (zip). | Import de molécules depuis ChemDraw | – Possible d’importer un CSV ou CSV-like | Non renseigné | | Tous types de documents | Possibilité d’importer des protocoles depuis Protocols.io (plateforme de partage de protocoles) | |
Export | – ZIP (1 dossier par expérience contenant le PDF de l’expérience + les fichiers joints) | – Exportation d’échantillons en format SDF et Excel (tous détails, modulable) – Outils d’exportation des données en rapports .docx – Templates de formatage (page de cahier papier, partie expérimentale de thèse, Supp. Info) – Équations chimiques éditables en ChemDraw. Outils commodes pour faciliter l’écriture des protocoles expérimentaux : recopie automatique des noms et quantités, blocs de textes préenregistrés. (ex :“the solution was dried in sodium sulfate, filtered and concentrated to give” ajouté en 1 clic.) | Possible d’exporter des projets complets avec leurs sous-projets, les réactions et les expériences correspondantes, ainsi que les documents téléchargés. Possible d’exporter le rapport complet d’un projet en format PDF. Possible d’exporter des expériences, 2 fichiers sont générés :
| Export possible des expériences, fichiers joints et pages en ZIP, PDF, csv, HTML. | Les expériences peuvent être exportées au format PDF. | – Possible de télécharger ses données en format csv et Excel | Toutes les données sont accessibles et exportables via la base de données | Export des documents en HTML, XML, PDF, Word. | |
API | – Permet d’accéder informatiquement aux expériences (en JSON) | API JSON disponible. | API pour pouvoir incorporer des bases de données externes à venir | Non | Oui, il est possible de récupérer des données provenant du cahier électronique ou de verser des données provenant d’applications tierces. La documentation de l’API est disponible ici.
| API disponible pour connecter l’ELN à d’autres systèmes | API REST, peut s’interconnecter avec un environnement existant | Oui | |
Versioning | Oui, historique de modification des expériences | Pas de versioning, Pas de time stamp (horodatage). | Oui | Oui, possible de restaurer une version, chaque module a l’option de versioning | Oui, il est possible de suivre et identifier qui a modifié quoi sur une expérience et de restaurer une version antérieure. | | Oui, via la récupération d’informations issues d'une sauvegarde antérieure | | |
Sécurité | Signature électronique | Oui + horodatage | Non. | Oui | Oui | Signature et contre-signature. | Oui, contre-signature également (en version payante) | Oui : signature et contre-signature + horodatage | Oui |
Sauvegardes | Sauvegardes manuelles, mais possible de les automatiser | Possibilité de paramétrer la fréquence des sauvegardes et de dupliquer la base de données. | Automatiques | Manuellement ou automatiquement (via le ‘manager Windows’) | Pour l’offre cloud eLabNext, les données sont sauvegardées en temps réel et archivées sur un serveur hors-site chiffré. | Automatiques | Possibilité de paramétrer la fréquence des sauvegardes et de dupliquer la base de données. | Peuvent être réalisées manuellement ou planifiées | |
Normes respectées | – RFC 3161 | Non indiqué. | Non indiqué | – 21 CFR Part 11 – Annex 11 – GxP | Bio-ITech est certifié ISO/IEC 27001:2013 pour la sécurité des données. | 21 CFR Part 11 | – 21 CFR Part 11 | 21 CFR Part 11 | |
Autres | – Authentification à deux facteurs (2FA) et OPT (one time password) | – Protocole HTTPS – Possibilité d’authentification des utilisateurs par Central Authentification Service – Qualité du code | | – Audit interne | Audit trail des actions effectuées. | – Possible de filtrer l’accès à l’ELN par adresse IP | – Audit trail | – Accès au serveur octroyé uniquement aux personnes autorisées | |
Modèle économique | Coût | – Gratuit (open source) | Gratuit (open source) | – Cloud : 10 € par utilisateur par mois | – 400 €/ an/utilisateur | Offre académique : 12.95 € par utilisateur et par mois pour l’accès complet à elabjournal. 9.95 € pour l’accès à eLabInventory.
| – Gratuit pour les Universités (mais fonctions limitées) | Académique : sur demande | – RSpace Community (moins de fonctions) : gratuit individuellement et pour les petits groupes |
Essai gratuit | Demo accessible directement depuis le site | – Connexion à un bac à sable | 45 jours, essai cloud : activer l’essai en ligne en s’enregistrant (limité à 10 utilisateurs) | 30 jours d’essai gratuit renouvelable avec suivi technique (emails, chat, appels…) | Un essai gratuit de 30 jours est disponible. | Oui, sur enregistrement | Possibilité de demander une démonstration et une version d’évaluation gratuite sur le site internet. | Possibilité de demander une démo en live | |
Support | – 1337€ / an pour support par Deltablot (support par email/visio, développeur très réactif) | – Github (code disponible) et helpdesk actif – Documentation et Tutoriels Youtube | – Peuvent aider à la migration depuis un autre ELN | Compter 20% de plus dans le prix pour support et maintenance lorsque les données sont stockées localement | Support complet avec les offres payantes. | – Support disponible – Mises à jour automatiques | – Support technique avancé, inclus dans l’offre | Accompagnement pour interfacer l’ELN avec d’autres systèmes concurrents (pas forcément des cahiers électroniques mais d’autres logiciels) | |
Autres | Références utilisateurs | – Institut Curie | Institut de technologie de Karlsruhe | – Université d’Oxford | – INRA | Institut Pasteur Université de Genève Université de Cologne | – Université de Bordeaux | Institut SupAgro de Montpellier | – Université de Genève |
Références web | – Code disponible sur GitHub | Des vidéos de présentation d’eLabJournal. Des études de cas concrets d’utilisation du logiciel. Des webinaires sur l’adoption de solutions numériques dans le laboratoire. | | | |||||
Remarques complémentaires | – Possible de demander des développements spécifiques via GitHub | – Possible de demander des développements spécifiques via GitHub | – La documentation de l’ELN est maintenant disponible directement depuis l’outil. | | Langues supportées : français, anglais, allemand. | Possible d’ajouter certains champs dans l’expérience sur développement. | Possibilité de demander des développements spécifiques | |