Bulletin de veille – Septembre 2020

Sommaire

• L’actualité dans vos disciplines
• L’intégrité scientifique en débat
• Stockage, entrepôts de données et cahiers de laboratoire électroniques
• Nominations
• Evénements

L’actualité dans vos disciplines

Plusieurs millions d’euros pour soutenir la gestion des données en chimie en Allemagne. Le gouvernement allemand met à disposition une enveloppe de 90 millions d’euros dans les 5 années à venir, afin d’améliorer la gestion des données de recherche. Sur les 30 consortiums retenus, deux concernent la chimie (NFDI4Chem et NFDICat), indiquent les bénéficiaires du dispositif dans un webinaire organisé fin juillet. Chaque consortium recevra 2,3 millions d’euros en moyenne. Parmi les priorités retenues : améliorer la visibilité des entrepôts de chimie en rendant leur contenu visible à partir des entrepôts internationaux, établir un minimum de standards propres à la chimie pour la description des données, rendre les métadonnées lisibles informatiquement et favoriser l’usage des cahiers de laboratoire électroniques. Un projet de développement de la solution Chemotion (cahier électronique open source) est prévue sur 5 ans.

Lancement de nouvelles revues en open access chez ACS. L’éditeur annonce la publication, prévue en janvier 2021, de Jacs Au (se prononce “Jacs Gold”, en référence au modèle de l’auteur-payeur). L’ensemble des numéros seront en open access, à la différence du Jacs, qui demeure une revue hybride (abonnement payant et publication d’articles en open access sur demande, en contrepartie d’un paiement). Le Jacs Au se distingue également du Jacs par la composition différente des comités éditoriaux, signale ACS. Par ailleurs, ACS lancera en parallèle 9 autres revues scientifiques en open access. 

Revues ACS : deux nouvelles publications sur les enjeux agricoles et alimentaires. ACS Agricultural Science Technology et ACS Food Science & Technology se focaliseront sur les dernières innovations scientifiques et technologiques dans les domaines de la recherche de l’agriculture et les sciences de l’alimentation et la nutrition, indique l’éditeur. Les premiers numéros sortiront en janvier 2021. 

Après 20 mois de travaux, le synchrotron ESRF-EBS à Grenoble a rouvert le 25 août. Le premier synchrotron à haute énergie de 4e génération est désormais accessible aux chercheurs.  Il est possible de consulter leur politique sur les données de la recherche.

APS lance une nouvelle revue de physique quantique en open access. Le premier numéro de la revue PRX Quantum vient de paraître. Disponible en open access, cette nouvelle revue est un prolongement de Physical Review X (ou PRX) et a pour vocation de couvrir les dernières nouveautés scientifiques dans les domaines de l’information quantique.

Près de 200 revues en open access portées disparues. C’est la conclusion issue d’un pré-print mis en ligne sur ArXiv fin août. Entre 2000 et 2019, 176 revues scientifiques uniquement disponibles en ligne (toutes disciplines confondues) ne sont plus accessibles, faute de politique de maintenance et de conservation. Le phénomène touche surtout les sciences humaines. Sur 52 revues concernées en Europe, seules 3 relèvent des sciences du vivant et 8 de la physique et mathématiques. 

Portrait de chimiste. L’UCBL s’est penchée sur le centre commun de spectrométrie de masse, où travaille Elodie Fromentin, ingénieur de recherche à l’ICBMS. Dans cette interview, elle revient sur le rôle de cette plateforme auprès des chercheurs et des entreprises privées. Elle explique aussi en quoi le confinement a fait évoluer la structure vers des pratiques plus numériques.

L’intégrité scientifique en débat

Fake data en chimie. Un article de la revue allemande “Angewandte Chemie International Edition” a été rétracté en raison des données falsifiées qu’il contenait.  Ses auteurs, Alessandro Passera et Antonio Mezzzetti ont ainsi admis que l’article contenait des données manipulées. 

Chimie et intelligence artificielle. Le Journal of medicinal chemistry consacre son numéro d’août 2020 à l’usage du machine learning au service de la recherche pharmaceutique. Un sujet qui fait écho à un article publié le 15 septembre dans le “Angewandte Chemie International Edition”. Le potentiel jugé “énorme” des algorithmes est conditionné par le fait d’avoir à disposition des données fiables. Or, “dans le domaine de la chimie de synthèse en particulier, les données de haute qualité sont rares, les jeux de données sont souvent tributaires de biais humains ou ne sont tout simplement pas disponibles”, écrit l’auteur. 

Résultats négatifs : les chercheurs reconnaissent leur intérêt, mais n’ont pas le temps. Selon une étude conduite auprès d’un réseau scientifique sur l’ARN, 82% des chercheurs estiment que les résultats négatifs devraient être partagés. En revanche, seuls 14% ont tenté de le faire. Pour plus d’un chercheur sur deux, le manque de temps explique le non-partage. Par résultat négatif, il faut entendre “tout résultat qui ne confirme pas une hypothèse ou ne permet pas de reproduire des données précédemment publiées.” Selon les auteurs de l’étude, la publication de résultats dits “positifs” a au contraire considérablement bondi au fil des ans. Un constat à double tranchant qui découlerait en partie de la multiplication de “méconduite scientifique” et du “manque de reproductibilité des résultats”. 

Reproductibilité en physique. Gaël Mourouga, doctorant en physique à l’Haute école spécialisée zurichoise (ZHAW), raconte les difficultés rencontrées au cours de sa thèse (voir vidéo ci-dessous). Il s’agit de la dernière « data story » publiée sur le site, l’ensemble des interviews de doctorants ou chercheurs étant disponibles ici. La problématique de la reproductibilité est également évoquée dans le Passeport pour la science ouverte conçu pour les doctorants et paru en septembre.

Reproductibilité en chimie : l’enjeu de la préservation du code informatique. “Même au sein du laboratoire, un étudiant fait quelque chose et le suivant ne peut pas se resservir du travail car rien n’a été correctement documenté”, constate Konrad Hinsen, dans les colonnes de Chemistry world. Chercheur au Centre de Biophysique Moléculaire (CBM) d’Orléans, il a récemment lancé un défi à ses pairs : exécuter un programme à partir d’un code écrit il y a dix ans. Le partage progressif de code sur GitHub ou Zenodo peut aider à assurer l’utilisation et les mises à jour. Autre initiative, celle de la revue eLife, en sciences du vivant, qui propose désormais aux auteurs l’option ERA (Executable Research Article), qui permet de mêler code et texte dans un même contenu (via Python ou Markdown), comme dans cet exemple (cliquer sur ‘Run document’). 

Muscler les compétences de l’OFIS. Dans un compte rendu publié cet été,  l’Office parlementaire d’évaluation des choix scientifiques et technologiques revient sur plusieurs points concernant l’intégrité scientifique en France. Les élus souhaitent accroître considérablement les prérogatives de l’OFIS en lui octroyant le statut d’autorité administrative indépendante. Il est également question d’étendre les formations sur l’intégrité scientifique à destination des doctorants ou de toute nouvelle personne habilitée à diriger des recherches. Ces propositions sont en phase avec le constat dressé début septembre par un collectif de chercheurs et professionnels médicaux, qui énumèrent les pratiques “anormales” d’une “minorité” dont les agissements bénéficieraient d’un climat “d’impunité”. Le sujet est également au coeur des “principes de Hong Kong” présentés lors de la 6ème conférence mondiale sur l’intégrité scientifique, dont le 3ème point porte en particulier sur le partage des données. 

Projet de loi de programmation pluriannuelle de la recherche. Adopté en première lecture par l’Assemblée nationale dans la nuit du 23 septembre, le texte suscite la controverse. Dans un document étayé, 39 sociétés savantes, dont la société chimique de France et la société française de physique, proposent 24 pistes de modification du projet de loi. Parmi les griefs émis, l’absence de “référence aux questions d’intégrité scientifique” et la nécessité que “l’OFIS établisse une liste publique des revues scientifiques prédatrices afin d’éviter que leur contenu douteux soit repris par les médias”.

Revues prédatrices : un état de l’art “critique”. Dans un pré-print mis à disposition dans HAL, Chérifa Boukacem-Zeghmouri, Sarah Rakotoary et Pascal Bador, membres de l’équipe de recherche Elico, dressent un état de l’art des revues prédatrices, dont on dénombrerait environ 13 000 titres. Absence de peer-reviewing, faux facteur d’impact, comités éditoriaux fantoches… Le texte pointe aussi l’émergence de “black lists” permettant de distinguer les revues approuvées des revues à bannir. Mais ces documents sont payants… 

Un cours en ligne sur l’éthique de la recherche. L’Université de Lyon ouvre la cinquième session de son MOOC consacré à l’éthique de la recherche. D’une durée de 5 semaines, ce cours en ligne propose notamment des entretiens avec des chercheurs pour aborder les différentes problématiques. Il est possible de s’inscrire jusqu’au 20 octobre. Ce MOOC est complémentaire à celui sur l’intégrité scientifique de l’Université de Bordeaux proposé sur FUN-MOOC. 

Stockage, entrepôts de données et cahiers de laboratoire électroniques

To share or not to share ? Une étude publiée dans le journal Plos énumère plusieurs facteurs recensés dans  la littérature scientifique et pouvant influencer la volonté des chercheurs de partager ou non leurs données. Les enseignants-chercheurs, accaparés par la préparation des cours en plus de leur activité de recherche, seraient moins enclins à mettre leurs données en open access qu’un chercheur sans heures d’enseignement. De même, les chercheurs non-titulaires ont tendance à moins partager leurs données expérimentales que les titulaires. Enfin, les chercheurs plus âgés seraient plus disposés à publier leurs données que les plus jeunes.

Entrepôts de données : des dissensions sur le choix des partenaires. Annoncé en août dernier, le choix de l’entrepôt néerlandais 4TU consistant à abandonner la solution open source Fedora pour s’appuyer sur l’infrastructure Figshare (structure adossée à Digital Science, racheté par le groupe éditorial Holtzbrinck qui détient notamment Springer Nature) suscite de nombreuses interrogations. Selon les administrateurs de 4TU, ce choix proviendrait du fait que le marché public lancé n’a pas attiré de candidatures issues de solutions open source. Dans leur réponse commune, Zenodo et Dryad, tous deux adossés à des infrastructures open source, offrent un autre point de vue. La mise en concurrence via une procédure de marché public génère une “bureaucratie” qui “nous a éliminés de la compétition”, estiment les deux organisations.  

LabCollector dévoile une nouvelle version de son cahier de labo électronique. La version 6 du cahier électronique LabCollector propose une nouvelle interface responsive design, une amélioration de la gestion des utilisateurs et des fonctions nouvelles d’interfaçage avec les instruments utilisés en laboratoire. Plus de détails ici.

Nominations

Une référente science ouverte à Lyon 1. Chérifa Boukacem Zegmouri, enseignante-chercheuse en sciences de l’information, a été désignée référente science ouverte de l’UCBL, une fonction dont l’établissement se dote pour la première fois. Elle aura notamment en charge de proposer à la gouvernance de l’université des “orientations et des actions” en accord avec le cadre national et européen de science ouverte. 

Une administratrice chargée des données de la recherche au MESRI. Isabelle Blanc prendra ses fonctions d’administratrice des données de la recherche au ministère de la recherche et de l’enseignement supérieur au 1er novembre prochain. Elle était jusqu’ici en poste à l’INRAE. 

Un Français à la tête de l’ERC. Après avoir réalisé un mandat de 2014 à 2019, le mathématicien Jean-Pierre Bourguignon a été désigné président par intérim de l’organisation. Cette décision fait suite à la démission de l’Italien Mauro Ferrari en avril dernier. 

Evénements 

Rencontre avec les chercheurs en physique sur l’enjeu des données. Le 18 septembre, une rencontre sur la gestion des données, organisée par les laboratoires LPMMC, LNCMI et l’Institut Neel à Grenoble, a abouti au lancement d’un partenariat entre le projet Datacc, la cellule Data Stewardship de l’UGA et plusieurs projets de recherche afin de pouvoir accompagner les chercheurs dans leurs pratiques courantes en matière de gestion des données. 

« Prendre soin de ses données. » C’est le thème de la journée qu’organise de l’Université de Lorraine le 8 octobre prochain. Cette manifestation aura lieu uniquement en ligne. Inscription gratuite, programme et détails de connexion sur le site de l’événement. 

« Rendre FAIR les données, mais quelles données préserver ? » : la vidéo est en ligne ! L’atelier Dialog’IST du 9 juillet dernier a ouvert les débats sur plusieurs questions importantes : « Que faut-il préserver et que peut-on éliminer ? Quel est le cadre juridique qui sous-tend ces problématiques ? Quelles conditions techniques jouent un rôle et sont à prendre en considération ? ». Au travers de plusieurs retours d’expérience, l’atelier a permis de croiser le regard de différents métiers (chercheurs, archivistes, bibliothécaires).

« A qui appartiennent les données ? » C’est à cette épineuse question que répondait Lionel Maurel, juriste et bibliothécaire,  directeur adjoint scientifique de l’InSHS lors d’un webinaire organisé par le réseau Mate-SHS le 14 septembre. Les supports de présentation ainsi que l’enregistrement du webinaire sont disponibles.