Bulletin de veille – Mars 2021

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L’actualité dans vos domaines

CAS fait un pas de plus en direction de la science ouverte. Le registre de composés chimiques maintenu par Chemical Abstract Services (éditeur ACS), ouvre “son accès à toute personne cherchant des informations scientifiques fiables” parmi les 500 000 substances décrites, annonce l’organisation. Une API est également mise à disposition. Retrouvez l’outil de recherche de substances et l’interface ici. 

Réutiliser des données de simulation en libre accès. Des chercheurs en chimie computationnelle ont décidé de baser leurs recherches à partir de données existantes provenant de la collection NMRlipids de Zenodo. Les données récupérées sont issues de dynamique moléculaire, qui consiste à simuler le mouvement d’un ensemble de particules. Cette démarche a pour objectif de démontrer que la réutilisation des données permet de gagner du temps en évitant de reconstruire les simulations et d’aménager la possible automatisation de certaines étapes de recherche telle que l’extraction de données.

Améliorer l’ouverture des données en catalyse. Publié en octobre 2020, cet article (qui nous avait à l’époque échappé), explore des pistes de réflexion possibles en faveur du partage des données en catalyse en adoptant un focus sur les données cinétiques. Ces dernières pourraient selon les auteurs être structurées en un format JSON flexible développé par la communauté, tout en gardant les spécificités relatives aux catalyseurs variés et les réactions possibles associées. L’article mentionne également l’utilisation de techniques non supervisées de machine learning comme nécessaires pour uniformiser l’extraction et l’analyse des données cinétiques en catalyse.

Améliorer le partage des échantillons en biogéochimie. Des chercheurs américains ont effectué un comparatif des identifiants et standards de métadonnées applicables aux échantillons en sciences environnementales. La difficulté est de trouver un standard de métadonnées permettant d’améliorer le partage des informations d’échantillons entre les différents champs disciplinaires. Le standard adopté utilise l’International Geo Sample Number (IGSN) comme socle, en y ajoutant des champs issus d’un autre standard, le Darwin Core, et des éléments d’ontologies spécialisées.

Ouvrir n’est pas reproduire. “Ce n’est pas suffisant d’ouvrir les publications. Si un autre chercheur ne peut pas reproduire ou poursuivre les travaux, est-ce vraiment de l’ouverture ?” questionne la revue en ligne Chemistry World. Sont notamment citées les initiatives comme protocols.io ou Nature Protocol Exchange, qui permettent la divulgation des modes opératoires. Mais ces pratiques restent limitées. En cause, le “modèle académique faussé qui accorde un rôle disproportionné aux résultats expérimentaux, en les plaçant au-dessus d’autres résultats”.  

L’éditeur Portland établit un partenariat avec l’entrepôt de données Figshare. Trois revues en biochimie éditées par Portland (Biochemical Journal, Clinical Science and Neuronal Signaling) permettent désormais un dépôt et une utilisation facilitée des données sous-jacentes aux articles via un accord avec Figshare permettant aux lecteurs d’interagir avec les données grâce à un visualiseur. 

Open access en Europe : la chimie et la physique comblent leur retard. Une étude de l’Observatoire des Sciences et Techniques s’est attardée à mesurer l’évolution des pratiques de science ouverte à l’échelle européenne. Sur la période allant de 2000 à 2018, le taux de publication en accès ouvert en chimie et physique a bondi de 5% à respectivement 20% et 25%. Il se situe toujours en-deçà de la moyenne à 30%. Des disparités de partage des résultats scientifiques sont à noter entre les différents pays européens mais également au niveau régional. En France, bien que la progression du mouvement se situe relativement dans la moyenne globale, on peut constater que certaines régions françaises (comme les Hauts-de-France, la Normandie ou la Corse) sont de 10 à 50% en retard dans l’adoption de pratiques liées à l’Open Access en comparaison avec les autres régions françaises.

Cahiers de laboratoire électroniques

Retour d’expérience d’une doctorante. Actuellement en thèse à l’IRCELyon, Pauline Bredy revient dans cette interview vidéo sur son expérience à l’Université de Monash (Australie), où elle a été amenée à réaliser un stage. Son arrivée a coïncidé avec l’abandon du cahier de laboratoire papier au profit d’une solution numérique baptisée LabArchives. Retrouvez également l’ensemble des ‘data stories’ tournées dans le cadre du projet Datacc.  

Tutoriel. Pour vous aider à prendre en main la solution open source de cahier de laboratoire elabFTW, nous avons élaboré un tutoriel qui vous permettra de faciliter vos premiers pas avec l’outil.

Rétrospective. Le carnet en ligne Reservoar, tenu par la bibliothèque universitaire d’Aix-Marseille Université, revient sur l’enjeu des cahiers de laboratoire électroniques, à la suite du webinaire organisé début février par la BU Sciences de Lyon 1. L’article propose une série de ressources en relation avec la thématique.

Edition scientifique

Lancement officiel d’une plateforme européenne de publication et d’évaluation d’articles en accès ouvert. Annoncée il y a quelques mois, la plateforme Open Research Europe expose désormais des publications en accès ouvert issues de projets financés par Horizon 2020. Cette nouvelle plateforme rompt avec le circuit traditionnel des articles : les auteurs sont invités à déposer leurs pré-prints publiquement, lesquels sont ensuite évalués par d’autres chercheurs selon le principe du “open peer-review”. Les noms des évaluateurs sont connus et leurs commentaires sont publiés. Par choix délibéré, aucun facteur d’impact ne sera attribué à cette plateforme de publication. “Les auteurs, et non les éditeurs, choisissent ce qu’ils souhaitent publier”, indique la Commission européenne dans la FAQ. Les résultats négatifs y seront acceptés. Le coût moyen d’un article de publication sur cette plateforme, estimé à 780 euros, est pris en charge par le budget européen. 

Est-il opportun de partager ses données non-publiées ? Lorsqu’une expérience n’aboutit pas au résultat escompté, sa publication peut néanmoins s’avérer “très utile pour celui qui envisage de conduire la même étude”, estime Michael Huerta, directeur adjoint de la bibliothèque américaine de médecine. Dans la mesure où peu d’éditeurs seraient intéressés par la publication d’un article de cette nature et que peu d’auteurs prendraient le temps de le rédiger, le seul fait de partager les données avec “ceux qui sont intéressés par le sujet pourrait être un excellent moyen de faire avancer la science”. Si l’enjeu vous intéresse, retrouvez notre ressource sur les données “non-concluantes”. 

SciHub, un outil de survie ? “La plupart des chercheurs ne se soucient pas du caractère légal. Ils veulent faire de la science et ils ont besoin d’avoir accès à la littérature académique pour le faire.” Dans une interview accordée au site The Wire, la créatrice du site Sci-Hub Alexandra Elbakyan revient sur les raisons qui l’ont poussée à créer cet outil il y a 9 ans. Elle décrit aussi ce que serait la réforme idéale du paysage éditorial scientifique, qui devrait selon elle non pas reposer sur le contrôle de “quelques grosses compagnies” mais s’appuyer sur un “réseau dynamique de sociétés savantes”. 

Ouverture des publications : vers l’abolition des embargos. Dans la continuité du Plan S porté au niveau européen et auquel elle participe, l’ANR souhaite que les publications issues des projets qu’elle finance à partir de 2022 soient déposés dans HAL immédiatement (avec une licence de réutilisation très large dite CCBY). A l’heure actuelle, des délais d’embargo de 6 à 12 mois peuvent être imposés par les éditeurs, dans le cadre de la loi pour une République numérique. 

Etudes et enquêtes

Les chercheurs plébiscitent les séminaires à distance. Selon une enquête conduite par Nature, 3 chercheurs sur 4 estiment que ce genre d’événements doit continuer à se tenir en ligne ou, tout du moins, maintenir la possibilité d’y assister par Internet. Ce souhait est motivé par le fait de ne pas pouvoir toujours se déplacer sur le lieu de l’événement, par l’impact carbone réduit ou encore les frais d’inscriptions qui ont tendance à être beaucoup moins élevés dans le cas d’un séminaire dématérialisé. 

Les chercheurs comblés par Google Scholar et Sci-Hub. Une étude Couperin, particulièrement riche, revient sur les pratiques documentaires des chercheurs. Sans surprise, Google Scholar est le point d’entrée privilégié pour 57% d’entre eux. Une proportion qui atteint 65% pour les moins de 45 ans. SciHub est très populaire auprès des moins de 45 ans, qui sont 50% à l’utiliser, contre 36% des répondants, tous âges confondus. Les réseaux sociaux comme Research Gate sont utilisés “souvent” par  44% des chercheurs. Une proportion comparable est observée pour l’utilisation des archives ouvertes, même si la perception des chercheurs diffère grandement d’un outil à l’autre, ArXiv étant plébiscité par rapport à HAL, qui essuie de nombreuses critiques. 

Retour d’enquête sur le modèle diamant. Lancée par la cOAlition S de juin 2020 à février 2021, l’enquête explore les projets de journaux et plateformes en open access menés par les communautés. 42% des éditeurs ayant répondu à l’enquête ont adopté une politique en faveur de l’ouverture des données. L’explication de ce résultat relève, selon l’étude, plus de décisions propres aux éditeurs que des recommandations institutionnelles.

Partage des données de recherche : comment et pourquoi ? Le site The Conversation aborde l’enjeu de la science ouverte à travers un article qui retrace l’historique du mouvement depuis 20 ans. Il trace une sorte de feuille de route visant à faciliter l’adoption de nouvelles pratiques plus favorables à la circulation des données de recherche. “Les partisans du partage des données scientifiques devraient recenser des exemples d’utilisations précises et spécifiques de données ouvertes afin de montrer comment elles peuvent permettre d’améliorer les méthodes de recherche”, peut-on lire.

Projet d’entrepôt national en France. L’ensemble des documents de réflexion produits dans le cadre du Comité pour la Science ouverte sont disponibles ici, dont la dernière synthèse publiée fin mars. 

Intégrité scientifique

Détecter et corriger les erreurs publiées dans la recherche scientifique. Le projet ERC Bulles Nano présenté le 5 mars dans le cadre des midis de Minatec a pour objectif de comprendre les mécanismes de correction de la science, en s’appuyant sur la propre expérience des chercheurs impliqués : des articles publiés contenant des erreurs et difficiles à corriger a posteriori, notamment en chimie pharmaceutique avec l’exemple des nano-particules permettant la détection d’ARN messager dans des cellules, publié en 2006. L’angle adopté est multidisciplinaire puisque des méthodes informatiques d’analyse de texte, du langage, et des entretiens puis études épistémologiques et ethnographiques seront mis en place. Le volet résultats négatifs sera également abordé et discuté au sein du projet.

La science ouverte, remède aux méconduites scientifiques ? C’est la piste explorée par un rapport parlementaire publié début mars, qui fournit 10 recommandations en matière d’intégrité scientifique, dont l’une est consacrée à l’ouverture des données. “En effet, en mettant les données et les résultats de la recherche en accès ouvert, les pairs peuvent vérifier plus facilement la justesse et la reproductibilité des travaux concernés. Les auteurs peuvent aussi déposer le protocole avant que ne soit réalisée l’expérience (comme sur la plateforme Open Science Framework), afin qu’il puisse être révisé par les pairs.” Les auteurs recommandent par ailleurs la publication d’un futur rapport centré spécifiquement sur la science ouverte. 

Institutions 

Le CERN lance un nouveau fonds sur le développement durable. Le CERN lance un nouveau Fonds pour l’impact des technologies qui permettra de créer un pont entre les technologies développées pour les recherches menées au CERN et leurs applications potentielles. Le Fonds a été lancé avec le soutien du groupe Transfert de connaissances du CERN et de la Fondation CERN & Société, qui recherche activement des donateurs. Le fonds permettra d’apporter un soutien financier afin d’adapter les technologies du CERN aux besoins plus larges de la société, en lien avec les 17 objectifs de développement durable (ODD) de l’Organisation des Nations Unies.

Focus sur le projet Datacc. Le consortium Couperin s’est intéressé au projet à travers cette interview qui revient sur les attendus du partenariat mené entre les BU de Lyon 1 et de Grenoble depuis près de deux ans. 

Rapport sur la science ouverte et les bibliothèques. L’inspection générale de la recherche brosse un portrait assez complet des actions menées par les BU en direction des chercheurs dans un rapport rendu public le 26 mars. Le projet Datacc est notamment cité.