Bulletin de veille – Janvier 2022

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L’actualité dans vos domaines

La revue Angewandte Chemie modifie sa politique de partage des données. A compter de 2022, la revue compte appliquer de nouvelles exigences à l’égard des chercheurs, peut-on lire sur twitter. Ces derniers sont invités à déposer les données associées à leurs articles dans un entrepôt adapté. Il leur sera également demandé de fournir une déclaration de disponibilité des données mentionnant expressément le lien vers les fichiers partagés.  

Ouverture des données en géochimie. Un article paru le 16 janvier dans la revue Publications dresse un état des lieux des pratiques d’open access en géochimie. Parmi les difficultés identifiées, le manque d’harmonisation dans la manière de décrire et de documenter les données. L’initiative OneGeochemistry est citée parmi les projets en cours visant à instaurer des standards de description des données dans cette discipline. 

Ouverture des données en géosciences. Dans un article publié le 11 janvier dans Geoscience Data Journal, deux chercheurs britanniques reviennent sur les bénéfices directs et indirects de l’ouverture des données dans ce domaine, qui se manifestent à différents niveaux : industrie minière, prévention des risques naturels, géotourisme etc. Néanmoins, l’ouverture de ces données sous un format réutilisation est conditionné par l’existence d’un modèle économique robuste, préviennent-ils. Retirer la possibilité, pour une organisation, même publique ou sans but lucratif, de dégager des revenus en facturant l’accès aux données auprès des utilisateurs, aura une incidence directe sur sa capacité à investir dans la gestion et la mise à disposition de ces mêmes données.

Données ouvertes et Machine Learning. Un article publié dans la revue Information Processing and Management revient sur les modèles d’apprentissage automatique et les données ouvertes utilisés pour obtenir une analyse plus robuste d’un phénomène réel : à partir de mots-clés fournis par les utilisateurs, le dispositif récupère les données ouvertes corrélées. Grâce à l’application du machine learning, les auteurs affirment pouvoir déceler automatiquement des prévisions sur de grands phénomènes. Dans une étude sur la pandémie de COVID-19, ils estiment par exemple le nombre quotidien de cas confirmés de COVID-19 et de décès dans les États américains. Autre exemple : dans une étude sur la grande éclipse américaine du 21 août 2017, ils estiment quand l’éclipse totale s’est produite dans les 12 Etats où elle était visible. 

Trois quarts des publications en physique et astronomie sont en accès ouvert. C’est la conclusion de la dernière édition du baromètre de la science ouverte. Au total, 62 % des 166 000 publications scientifiques françaises parues en 2020 sont en accès ouvert en décembre 2021. La biologie, la physique et l’astronomie caracolent en tête. La chimie occupe une position intermédiaire, à 64%, enregistrant une progression de 36 points depuis 2018.

Deux nouvelles revues en accès ouvert chez IOP. Les revues sont spécialisées en électrochimie et recherches sur les capteurs. Baptisées ECS Advances et ECS Sensors Plus, elles permettront aux chercheurs de publier gratuitement en 2022, avant l’application de frais de publication en 2023, d’un montant de 1150 euros par article.

Les bibliothèques universitaires suisses signent un accord avec IOP. Au terme de cet accord annoncé en janvier, valable pour une durée de trois ans, les chercheurs de 19 établissements helvétiques pourront publier en accès ouvert dans les revues d’IOP, sans limitation du nombre d’articles.  

Signature d’un accord inédit entre ResearchGate et IOP Publishing. Dans un communiqué paru le 17 janvier, l’éditeur et la plateforme annoncent avoir scellé un partenariat visant à accroître la visibilité des publications d’IOP. Pas moins de 36 000 articles issus de plusieurs revues en accès ouvert ou hybrides seront versés dans ResearchGate dans l’année qui vient. Les revues concernées sont : Environmental Research Letters, Materials Research Express and New Journal of Physics, Biomedical Materials, Classical Quantum Gravity, Physica Scripta and J Phys B (ces 4 dernières étant des revues hybrides). L’accord prend le contrepied des relations tumultueuses entretenues entre la plateforme et les éditeurs scientifiques tels que Wiley, Elsevier et ACS, qui avaient obtenu, l’an dernier, le retrait de près de 2 millions d’articles, accusant ResearchGate de violation de droits d’auteur.

Des revues en accès ouvert en chimie, sans frais de publication pour les auteurs. C’est le but du modèle “diamant”, qui concerne à jour encore peu de revues en chimie. Le consortium allemand NFDI4Chem signale toutefois 4 revues répondant à ce modèle : Beilstein Journal of Organic Chemistry, Beilstein Journal of Nanotechnology,  ACS Central Science et Chemical Science. 

Une collaboration en physique des hautes énergies et systèmes complexes entre l’Amérique latine et l’Europe. C’est le but du projet LA-CoNGA Physics, qui a pour but la mise en place de cours communs en physique des hautes énergies et systèmes complexes dans huit établissements d’enseignement supérieur latino-américains, grâce à l’installation d’une plateforme ouverte d’apprentissage en ligne. Ce projet, cofinancé par des fonds européens, implique notamment le CEA, le CERN, et le CNRS, ainsi que deux partenaires industriels. 

Cahiers de laboratoire électroniques 

Un nouveau rapport publié. Le groupe de travail mandaté par le Comité pour la Science ouverte a rendu son analyse sur les cahiers de laboratoire électroniques. Le rapport, d’un peu plus de 60 pages, est disponible depuis le 12 janvier sur le site d’Ouvrirlascience. Une quinzaine de solutions sont passées en revue (elabFTW, Labguru, Mbook, LabArchives etc.) dans un document qui remet en contexte l’enjeu de traçabilité et de conservation d’informations expérimentales actuellement répertoriées dans des cahiers papier peu réutilisables. 

Mise à jour du benchmark sur les cahiers de laboratoire électroniques. Parmi les 8 logiciels décrits sur le site de Datacc, nous venons de mettre à jour la notice de la solution française Laby, portée par une société basée à Montpellier. Pour une meilleure lisibilité du tableau, vous pouvez utiliser l’option “filtrer les solutions” afin de ne retenir que Laby.

Du nouveau chez Mbook. Une nouvelle version de Mbook vient de sortir. Certains bugs ont été résolus, comme l’actualisation automatique de la masse molaire lors de la modification d’une substance présente dans la réaction. Cette solution de cahier de laboratoire électronique, spécialisée en chimie de synthèse, est éditée par la société espagnole Mestrelab.

Résultats négatifs

Disséminer ou dissimuler ? C’est la question à laquelle nous tentons de répondre dans un article paru le 19 janvier dans Learned Publishing, à partir d’une enquête menée par les BU de Lyon 1 et de Grenoble. L’étude s’attarde notamment sur la valeur que les chercheurs accordent aux résultats négatifs, les freins de leur diffusion et leur appétence pour la création d’un portail qui relaierait des expériences scientifiques infructueuses mais néanmoins utiles pour la communauté. Sur ce dernier point, les chercheurs en chimie et les doctorants apparaissent comme étant les plus favorables (81% et 84% respectivement).

La revue Journal of Biological Chemistry soutient la publication de résultats négatifs. La revue, dont le modèle est basé sur le gold open access (paiement de frais de publication) depuis 2021, après un accord de partenariat scellé avec Elsevier, revient dans un son numéro de janvier sur ses priorités éditoriales. La science ouverte ne consiste pas seulement à publier en accès ouvert, souligne le rédacteur en chef de la revue dans un édito, mais également à partager les données sous-jacentes. “Toutes les données primaires, négatives comme positives, devraient être mises à disposition dans des entrepôts publics, accessibles à tous.”

Les résultats négatifs devraient faire partie des connaissances partagées. “On peut se demander combien de travaux scientifiques sont menés pour trouver des réponses qui existent déjà ailleurs”, peut-on lire dans un article publié le 10 janvier dans Data Science. L’état des connaissances devrait “inclure les résultats négatifs, qui finissent rarement dans les revues”, indiquent les auteurs. 

Numéro spécial sur les capacités cognitives des animaux : les résultats négatifs acceptés. La revue In&Sight lance un appel auprès des chercheurs travaillant sur l’intelligence animale. Les articles relatant l’incapacité à faire la preuve de capacités cognitives sont acceptés. La soumission d’articles est ouverte jusqu’au 22 février.  

L’ouverture des données en santé : enjeux et impact pour les patients. Un article publié dans The Conversation le 12 janvier, revient sur l’intérêt de pouvoir accéder aux résultats détaillés d’études cliniques afin d’en dériver de nouvelles analyses. Malgré les obstacles rencontrés (refus de partage des données notamment), les auteurs, par ailleurs pilotes d’un groupe de travail du Comité pour la science ouverte, pointent que certaines réanalyses aboutissent à corriger la littérature existante. Ils citent par exemple le cas de deux agents antidépresseurs, jugés inefficaces sur les adolescents, contrairement à ce qui avait été initialement affirmé. 

Etudes, enquêtes et réflexions

La reproductibilité : défi de taille et solutions pragmatiques ? « L’une des mes plus grandes frustrations en tant que scientifique, c’est de savoir, parmi les résultats les plus marquants, quels sont ceux qui sont suffisamment robustes pour pouvoir s’appuyer dessus. » Dans un article publié fin décembre dans Nature, le biologiste Yusuf A. Hannun revient sur l’enjeu de la reproductibilité. Dans le sillage d’une étude publiée fin 2021, révélant que plus de la moitié des expériences issues de publications remarquées sur le traitement du cancer échouaient à être reproduites, l’auteur fait plusieurs recommandations. Parmi elles, la constitution d’un registre d’expériences issues de la littérature scientifique, dont la réplication serait confiée à des étudiants en liaison avec les labos. Cet exercice pédagogique a toutefois ses limites, reconnaît-il : certaines expériences sont trop coûteuses à répliquer ou mobilisent des techniques trop sophistiquées. 

Les chercheurs en chimie plus disposés à partager leurs données sur les sites des éditeurs ? C’est ce qui ressort d’une étude conduite pour le compte du ministère de la recherche, publiée fin janvier. Les conclusions de cette enquête, fondées sur 1089 réponses, permettent de dégager plusieurs tendances, dont celle consistant à partager les données de recherche en tant qu’information supplémentaire, sur le site des éditeurs. C’est cette pratique qui domine en chimie, sciences du vivant et physique, comme en témoigne le graphique ci-dessous.

Etat de l’art sur la science ouverte. Un article publié le 19 janvier dans Royal Society Open Science propose une synthèse de plus de 200 articles sur la science ouverte publiés ces deux dernières décennies. L’ouverture des données a été envisagée de manière inadaptée, peut-on lire dans le chapitre dédié. Mise en avant au motif que “tous les scientifiques vont tirer profit du partage des données”, elle présuppose l’homogénéité des contextes de recherche, quand les données et la pertinence de leur ouverture selon les modalités FAIR, varient fortement d’une discipline à l’autre.

Jeunes chercheurs et science ouverte. Un article publié dans DataScience le 19 janvier revient sur une enquête qualitative menée auprès de 32 jeunes chercheurs issus de 14 pays différents. Si les deux tiers d’entre eux disent avoir déjà utilisé des données en accès ouvert, ou partagé leurs propres données, ils émettent également des réserves. Parmi elles, le fait de se voir dépossédés de données mises en accès ouvert après s’être donné du mal à les produire, ou encore prendre le risque de partager des données qui seront mal comprises et mal interprétées par d’autres. 

Les Français, peuple le plus défiant du monde vis-à-vis de la science ? 62% des Français estiment que la science cause autant de mal que de bien. “C’est un record à l’échelle mondiale !” souligne Michel Dubois, dans un entretien publié le 5 janvier dans le journal du CNRS. Le chiffre fait référence à l’enquête nationale menée auprès de 3000 Français et rendue publique fin 2021, qui met en lumière le délitement affectant l’image de la science depuis les années 80. Si le phénomène a été aggravé par la pandémie, il s’est enclenché avant celle-ci en touchant notamment des domaines intrinsèquement liés à l’industrie. Seul 1 Français sur 2 considère par exemple que l’agronomie est une science, à jeu égal avec la psychologie et la psychanalyse. 

Edition scientifique

Wiley veut s’attaquer à la fraude scientifique en recourant à l’intelligence artificielle. Dans une interview publiée fin décembre sur le site d’informations Edscoop, l’un des vices-présidents de Wiley, Jay Flynn, revient sur la stratégie menée par l’éditeur. L’une des priorités selon lui consiste à “redoubler d’efforts” pour détecter les fraudes telles que les manipulations statistiques ou d’image, en recourant à l’IA. La publication en accès ouvert est un deuxième horizon : “Dans 10 ans, les meilleures revues seront toutes en open access”, prévoit le dirigeant, ajoutant par ailleurs que Wiley représenterait 50% des publications impliquant une revue par les pairs à l’échelle mondiale. 

Preprint et brevets : des relations dangereuses ? C’est le sens de cet article publié en décembre 2021 dans EMBO reports, qui étudie l’impact de l’essor des pré-prints, parallèlement au maintien de règles strictes encadrant le dépôt de brevet, suspendu à la non-divulgation de l’invention. “Utiliser les publications des chercheurs contre eux peut être injuste”, cela revient à “recommander que le premier canal de diffusion de leurs résultats ne soit pas les revues ou les pré-prints mais les brevets.” Cette réalité peut donc amener les chercheurs à retarder la publication des pré-prints, alors même que la raison d’être de ces derniers est de rendre les résultats disponibles aussi vite que possible. Le Molnupiravir, qui figure parmi les anti-viraux utilisés contre le Covid, est cité en exemple, puisque ce traitement a été cité sur MedRxiv près d’un an après le dépôt de brevet.

Les chercheurs, objets de la surveillance marketing des éditeurs. Si le taux de citation ou le nombre de consultations des articles font partie des grands classiques, d’autres indicateurs seraient collectés par les grands éditeurs commerciaux. Dans un article publié dans Le Monde le 17 janvier, des chercheurs américains s’émeuvent des pratiques de l’éditeur Elsevier. “Nous avons maintenant de bonnes raisons de penser que d’autres données sont surveillées, notamment la façon dont nous, chercheurs, lisons un article, le temps que nous y passons, les surlignages que nous utilisons, etc.”

Frais de publication

Réunir 9500 euros pour publier en open access dans Nature : les tribulations d’une jeune chercheuse. Doctorante en Allemagne, Nussaïbah Raja raconte sur son compte twitter le parcours du combattant mené pour tenter de publier en open access dans Nature. Malgré l’appui de son laboratoire, 50% de la somme restait à réunir. La recherche externe de financements, fructueuse, la rapprochait du but. Mais c’était sans compter les 2000 euros de taxes supplémentaires, en sus des 9500 euros de frais de publication, dus au titre de la TVA. “Là, on a abandonné.” Un accord a néanmoins été trouvé : Nature a consenti à publier l’article en accès ouvert…mais pour un mois seulement. 

L’Académie des sciences favorable au plafonnement des frais de publication à 1500 euros. Dans un rapport d’une quinzaine de pages rendu public fin janvier, l’Académie des sciences revient sur les trois grands volets de la science ouverte : publications, données, évaluation des chercheurs. Pour les auteurs, le modèle Gold “reste avant tout une stratégie financière”, dans la mesure où “ces frais sont souvent sans rapport avec la réalité de la valeur ajoutée par l’éditeur”. Les agences de financement de la recherche devraient selon eux exiger un plafonnement des frais de publication à 1500 euros. Le rapport estime par ailleurs que la bonne dynamique enclenchée sur l’ouverture des données est “sérieusement menacée par l’autorisation récente et croissante de certaines revues scientifiques, y compris prestigieuses, de publier des articles sans que les données génomiques soient nécessairement déposées dans des bases de données de type INSDC.”

Fonds pour la science ouverte : faut-il abandonner la prise en charge des frais de publication ? Un article publié le 5 janvier dans la revue Insights revient sur le modèle porté par l’Université catholique de Louvain. Chargée de la gestion d’un fonds propre à la science ouverte, la bibliothèque de cet établissement d’Outre-Quiévrain a décidé d’abandonner la prise en charge des frais de publication en se recentrant exclusivement sur le soutien à la publication d’ouvrages et de revues portée par la communauté scientifique (modèle diamant), incarnée par les presses universitaires ou la plateforme OpenEdition. Initialement, le fonds prenait en charge les APC à hauteur de 1000 euros maximum et excluait les revues hybrides, qui pratiquent à la fois sur l’abonnement et les frais de publication. En outre, l’Université de Louvain annonce ce mois-ci la mise en place d’un entrepôt de données pour ses chercheurs.

Institutions

Appel à projet européen sur la reproductibilité scientifique. La Commission européenne vient de lancer un appel doté de 4 millions d’euros visant à soutenir les projets apportant des solutions concrètes pour améliorer la reproductibilité des résultats scientifiques. Date de clôture annoncée : 20 avril. 

Vers une réforme européenne de l’évaluation des chercheurs ? Après la publication, fin 2021, d’un rapport consacré à cet enjeu, la Commission européenne a rendu public son agenda pour la politique de la recherche (2022-2024). Parmi les axes retenus, la mise en place d’une réforme de l’évaluation des chercheurs par les agences de financement de la recherche. 

2023, année de la science ouverte pour la Nasa. L’année 2022 est à peine entamée que la Nasa se projette déjà en 2023, avec l’initiative TOPS (Transform to Open Science), financée à hauteur de 20 000 dollars par an jusqu’en 2027. Portée par une chercheuse en océanographie, Chelle Gentemann, l’initiative prévoit l’organisation de plusieurs séminaires à destination des chercheurs, sur l’enjeu de la science ouverte. Pour plus d’informations, vous pouvez consulter la page du projet.

Retour sur l’entrepôt de données en géosciences de Franche Comté. Un article de The Conversation met en avant cette infrastructure en ligne, portée à l’origine par deux chercheurs en informatique et astrophysique. Né il y a 7 ans, le projet a abouti à la mise en ligne de la plateforme dat@OSU en 2016, qui permet aujourd’hui à tout chercheur en géosciences de l’Université de Bourgogne-Franche-Comté de signaler ses données de recherche. Celles-ci sont hébergées à l’extérieur, vers d’autres entrepôts en ligne. 

Les directeurs de laboratoire déplorent la bureaucratisation croissante et appellent au changement. Leur prise de position a été relayée le 10 janvier dans les colonnes du Monde, sous forme de tribune. Plutôt que de se fonder sur une approche qualitative pour évaluer les laboratoires, le Hcérès adopte des méthodes “comptables” aboutissant à 57 indicateurs déclinés dans “tableurs et questionnaires contraignants jusqu’à la bêtise”.