Bulletin de veille – Décembre 2020
- 1. L’actualité dans vos disciplines
1.1 Cahiers de laboratoire électroniques
1.2 Plan de gestion des données en chimie - 2. Institutions
- 3. Edition scientifique
- 4. Enquêtes
L’actualité dans vos disciplines
Le consortium universitaire NFDI4Chem allemand lance un service de partage des données en chimie. Très avancé dans la réflexion sur la gestion des données en chimie, le consortium NFDI4Chem souhaite collecter les données pertinentes issus des laboratoires membres et accompagner ces derniers dans le choix de l’entrepôt et la description du jeu de données. La première newsletter consacrée à ces enjeux est disponible ici.
Partenariat entre CAS et le cahier de laboratoire électronique Scilligence. Après avoir facilité la recherche dans SciFinder-n directement à partir de Scilligence, Chemical Abstracts Service va plus loin en interfaçant désormais cet ELN avec le registre CAS. Lire le communiqué. Un webinaire est prévu le 14 janvier pour présenter ces évolutions.
Cahiers de laboratoire électroniques : des licences CNRS proposées dès 2022 ? C’est le calendrier annoncé lors de la journée science ouverte du CNRS qui s’est tenue le 16 novembre. A cette occasion, les résultats préliminaires de l’enquête conduite l’été dernier ont été présentés. 75% des répondants se disent favorables au remplacement du cahier papier par une solution numérique. 80% des biologistes estiment que le cahier électronique permet une description plus claire et une meilleure traçabilité des expériences. Plus de 50% évoquent le risque de non pérennité du logiciel/éditeur.
La chimie, domaine le plus impacté par le contexte sanitaire. Selon une étude menée par Figshare auprès d’environ 4000 chercheurs dans le monde, les chimistes seraient en première ligne parmi les disciplines les plus fortement ébranlées par le Covid. 47% des répondants en chimie indiquent que le contexte sanitaire a eu un fort impact sur leurs pratiques, devant les biologistes (39%) et les sciences des matériaux et médecine (36%). L’enquête met également en lumière la volonté d’un chercheur sur deux de pouvoir réutiliser des données existantes. 58% ont déjà réutilisé leurs propres données et 44% ont déjà réutilisé des données issues d’autres chercheurs.
Publication d’un plan de gestion des données en chimie. Coordinateur d’un projet ANR sur les polymersomes magnétiques, Olivier Sandre (Université de Bordeaux) a rendu public fin décembre le plan de gestion de données établi dans le cadre de ce projet. Les auteurs autorisent la reprise et l’adaptation du contenu par d’autres chercheurs.
Meeting d’ACS : les données en haut de l’agenda. L’appel à contributions lancé par ACS en vue du symposium d’avril 2021 porte notamment sur l’usage de l’intelligence artificielle en chimie et le partage des données. Une intervention sur l’évolution du rôle de bibliothécaire auprès des chercheurs est par ailleurs prévue.
Le CERN va publier les données relatives au Grand Collisionneur de Hadrons. Au-delà des données étayant les publications et des données à vocation “pédagogique”, le CERN mettra en ligne sur son portail des données “contribuant à la recherche scientifique sur la physique des particules”, dans les 5 ans suivant leur collecte. Un effort de documentation particulier sera apporté afin qu’elles puissent être réutilisées, peut-on lire dans ce document.
L’Institut Max Planck lance une plateforme d’aide à la gestion des données. Lancée début décembre, la plateforme a pour vocation à aider les chercheurs à faciliter la gestion de leurs données. Le premier axe se situe en amont de la recherche : il est fait mention du Plan de Gestion de Données, de la gestion des fichiers, des formats et des aspects éthiques et légaux. Le deuxième axe correspond aux enjeux de stockage des données pendant le projet de recherche. La phase de post-projet aborde la question du partage des données via des entrepôts et l’affectation des licences de réutilisation.
Les sociétés savantes de physique plaident pour le maintien des revues open access dites “hybrides”. Dans un communiqué commun publié le 15 décembre et présenté sous forme de plaidoyer à la “science ouverte”, 16 sociétés savantes de physique s’inquiètent de la transition éditoriale en cours. Selon les termes du Plan S mené à l’échelle européenne, les revues payantes sur abonnement, qui facturent également la publication en accès ouvert des articles en fonction des demandes, ne pourront plus exister sous ce modèle dit “hybride”, certes rémunérateur pour les éditeurs mais coûteux pour la collectivité. 85% des articles de physique sont publiés dans des revues répondant à ce modèle.
Collection dans HAL en hommage à Louis Néel. Le 11 décembre 1970, Louis Néel prononçait son « discours » auprès du Comité Nobel à Stockholm. 50 ans plus tard, l’événement est commémoré. A cette occasion, une collection HAL s’ouvre, réunissant l’intégralité (environ 200 articles) de la production scientifique de Louis Néel. Plusieurs événements seront organisés courant 2021.
Des identifiants numériques pérennes pour les objets physiques de la recherche. L’intérêt des identifiants pérennes pour les objets numériques de la recherche n’est plus à prouver, mais qu’en est-il des objets physiques, comme les échantillons, réactifs ou instruments d’analyse ? C’est la question posée par Esther Plomp dans son essai paru ce mois dans le Data Science Journal. Pour l’instant appliqué dans le domaine des sciences de la terre, notamment via les Research Resource Identifiers (RRIDs), un groupe de travail de la Research Data Alliance, mais aussi l’IGSN (Sloan Foundation IGSN 2040 Project) se penchent déjà sur ce sujet. Il sera cependant nécessaire de créer des standards communs à toutes les disciplines, ce qui prendra beaucoup de temps.
Institutions
L’Université de Lyon 1 fait un pas en direction d’une évaluation différente des chercheurs. « Évaluer la recherche sur sa valeur intrinsèque plutôt qu’en fonction de la revue où elle est publiée » et abandonner le facteur d’impact « comme succédané d’appréciation de la qualité des articles de recherche individuels ». En signant la déclaration de San Francisco dite « DORA », l’UCBL engage une réflexion sur la nécessaire diversification de l’évaluation des chercheurs, aux côtés d’autres Universités françaises (UniLaSalle, Université Nanterre, faculté de médecine de Sorbonne Université, Université Clermont-Auvergne, qui avaient déjà approuvé le document. La nouvelle intervient parallèlement au ralliement d’Elsevier à ce même texte. L’éditeur compte participer au développement des “citations ouvertes”, qui visent à produire un modèle bibliométrique fondé sur des références bibliographiques librement disponibles, contrairement au modèle actuel du Web of Science, dont les paramètres et le périmètre des revues retenues dépendent des choix de l’opérateur privé.
Loi de programmation de la recherche 2021-2030. Objet de vives discussions, le texte a été promulgué le 24 décembre 2020 (voir le dossier législatif). Sans revenir sur l’ensemble des dispositions, il est à noter que le rapport annexé au texte de loi revient sur l’enjeu du stockage et l’ouverture des données. Est notamment signalée la mise en place d’une « politique de formation à l’ouverture et à la qualité des données et à la sécurité des systèmes d’information », dans un contexte où le soutien aux équipements et infrastructures de pointe en physique, chimie, sciences de la terre, sciences de la vie sciences de la vie et autres domaines serait renforcé.
Le député Bothorel remet son rapport sur la politique de la donnée. Publié fin décembre, le document remis au premier ministre préconise d’orienter une partie du plan de relance vers les infrastructures de partage des données. L’auteur alerte également sur la nécessité de réorienter la politique de l’open data vers “une plus grande qualité et fiabilité de la donnée”, regrettant la documentation, “souvent trop pauvre”, des données mises en ligne, ce qui obère leur réutilisation.
Vers la création d’un entrepôt national pour les données de la recherche. Parallèlement à l’étude de faisabilité en cours, la ministre de la Recherche Frédérique Vidal a confirmé que la France cheminait vers la création “d’un entrepôt des données pour stocker les données orphelines, dites de longue traîne, dont le poids en octet est faible mais dont le poids scientifique peut s’avérer majeur”. A l’occasion de son intervention, prononcée lors du colloque “Recherche scientifique et action publique : les sciences du numérique” le 8 décembre, la ministre a également appelé à une “revalorisation du doctorat”, qui devrait être un “sésame pour tous les postes à responsabilité, dans le privé comme dans la haute fonction publique.
Les plans de gestion de données : un outil perfectible. A l’occasion de la journée science ouverte CNRS du 16 novembre, Claire François, directrice de l’Inist, est revenue sur l’enjeu des PGD. Plus de 4000 documents en lien avec des projets ANR ont été rédigés en un an. Parmi les limites pointées, le fait que le PGD soit perçu comme “un exercice administratif et non comme faisant partie intégrante de la pratique de la recherche”, la présence de terminologies techniques éloignées des disciplines des chercheurs et le manque d’accompagnement sur le choix des entrepôts de diffusion des données.
Rapport européen sur la reproductibilité de la recherche. Véritable synthèse sur les enjeux et l’état actuel de la reproductibilité de la recherche en Europe, ce rapport de la Commission européenne établit 33 recommandations et actions possibles afin d’améliorer le processus de recherche. Parmi les points soulevés, la nécessité d’augmenter le niveau de connaissance en test statistique, afin de limiter les erreurs d’interprétation ou de permettre de détecter plus facilement qu’un test n’est pas probant.
Vers l’ouverture par défaut des logiciels de recherche. C’est l’une des recommandations d’un rapport européen publié mi-décembre, estimant que le non-partage des codes-sources des programmes et logiciels développés dans le cadre de la recherche publique devrait être dûment motivé.
Horizon Europe 2021-2027. A l’issue d’un webinaire le 1er décembre, les modalités de participation à Horizon Europe ont été précisées. Les instances européennes encouragent fortement les industriels, PME et associations à candidater, au-delà des chercheurs académiques. Tous les domaines scientifiques peuvent être représentés. Concernant le financement, tous les coûts directs en lien avec le projet sont éligibles, et les coûts indirects le sont à un taux forfaitaire de 25% des coûts directs. Une série de webinaires est programmée pour les mois à venir afin de mieux cerner les enjeux du programme.
L’Inrae nomme un administrateur des données. Il s’agit de Hadi Quenesville, bioinformaticien de formation. Lire l’information du 22 décembre retraçant son parcours et ses nouvelles missions.
Le physicien Patrick Flandrin à la tête de l’Académie des Sciences. Le 8 décembre dernier, Patrick Flandrin, directeur de recherche au Laboratoire de Physique de l’École Normale Supérieure de Lyon et Vice-président de l’Académie des sciences en 2019-2020, a été élu président de l’Académie des sciences pour deux ans. Il succède à Pierre Corvol. Il est spécialiste de traitement du signal. Son mandat débute en janvier 2021.
Edition scientifique
Ouverture des données : point sur les revues Springer. A l’occasion d’un webinaire organisé le 8 décembre, l’éditeur a indiqué que 173 de ses revues avaient adopté une politique d’ouverture maximaliste des données, avec obligation de dépôt dans un entrepôt en ligne. Cette proportion, qui représente 10% des revues du groupe, a vocation à s’accroître. La transition se fera progressivement, du fait de “divisions” persistantes entre les éditeurs quant au degré de contrainte à imposer aux chercheurs.
Le dépôt de preprint obligatoire pour l’accès à l’évaluation par les pairs. C’est le nouveau modèle de publication adopté par la revue eLife en biologie. Selon l’éditeur, le processus de peer review doit être construit en aval d’une première mise en ligne en tant que preprint de l’article, puis rendu public (y compris pour les articles refusés). Cela laisserait aux chercheurs la possibilité de publier leur recherche directement s’ils le souhaitent. Si un chercheur souhaite publier dans une autre revue car son article n’a pas été accepté dans eLife après évaluation, il peut choisir de reporter la date de mise en ligne de l’évaluation jusqu’à publication dans une autre revue.
Nouvelle revue chez IOP. IOP publie une nouvelle revue en Open Access : Neuromorphic Computing and Engineering, revue multidisciplinaire sur la conception, le développement et l’application de réseaux neuronaux artificiels.
28 nouvelles revues d’EDP Science disponiblesdans ISTEX. Par le biais d’une licence nationale, la plateforme Istex donnait accès à 91 revues d’EDP Sciences sur les années 1791-2016. Désormais, grâce au plan de soutien à l’édition scientifique française, 28 titres d’EDP Sciences s’ajoutent au corpus : tous les articles sont désormais disponibles jusqu’à 2019 et pour ces 28 titres, les années 2020 et 2021 viendront rapidement compléter le corpus. Parmi les nouveaux titres accessibles : Astronomy&Astrophysics, EPJ Applied Physics, Europhysics news, Matériaux&Techniques, Mechanics&Industry, Metallurgical Research.
Enquêtes
Défaut d’intégrité scientifique : quelles sont les dérives les plus courantes ? Plus d’un chercheur sur deux interrogé dans le cadre d’une étude polonaise signale avoir été informé d’un cas de méconduite scientifique de la part d’un ou de plusieurs collègues. Parmi les cas recensés, la citation d’un auteur n’ayant pas participé activement aux travaux est la première cause de méconduite citée (52%), loin devant la dissimulation de données gênantes susceptibles de contredire les résultats avancés (21%) ou encore la falsification de données (18%).
Publier en open access : l’argument de l’accès pour tous avant la visibilité individuelle ? C’est l’une des conclusions qui semble se dégager d’une étude centrée sur les jeunes chercheurs (dont 28% de doctorants). Pour près de 19% des répondants, l’accès libre à l’information scientifique est un principe fondamental qui inciterait à publier sous ce modèle. L’argument devance celui de la notoriété auprès d’une plus large audience (11,7%) et celui de l’impact bibliométrique (9%).
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