Bulletin de veille – Mars 2022
L’actualité dans vos domaines
Exploiter au maximum le potentiel des cahiers de laboratoire électroniques. Le consortium allemand FAIR-mat, spécialisé dans la gestion des données en physique, chimie et astronomie, a tenu un webinaire début mars sur les cahiers de laboratoire électroniques, invoquant plusieurs solutions comme elabFTW ou encore Rspace. A notamment été abordé l’enjeu de l’interfaçage, encore émergent, entre la solution open source elabFTW et l’entrepôt de données en chimie des matériaux Nomad. Les interventions peuvent être consultées ici.
Un pré-print sur le cahier de labo électronique Chemotion. Des chercheurs allemands ont mis à disposition dans ChemRxiv un article daté du 17 mars mettant l’accent sur les possibilités de partage d’expériences, y compris de « collections d’expériences », via la solution Chemotion. En l’espèce, il ne s’agit pas d’un partage en ligne mais bien d’une ouverture ponctuelle et maîtrisée auprès de collaborateurs ou doctorants afin de faciliter la gestion d’un projet.
ACS s’intéresse de plus en plus à l’ouverture des données. Dans une courte vidéo institutionnelle publiée le 9 mars, le président d’ACS publications place les données au même rang que les publications pour atteindre les objectifs de science ouverte. Il signale le partenariat entre ACS et l’entrepôt de données Figshare, insiste sur la communication des données via les supplementary information des articles, ainsi que sur la plateforme research data center spécialisée dans la collecte de données en RMN. En revanche, il ne précise pas les modalités de réutilisation, libres ou restreintes, qu’ACS compte appliquer aux données que les chercheurs lui communiquent.
ACS lance un outil de sélection de ses revues en accès ouvert en indiquant le prix à payer. Baptisée Journal Finder, la plateforme centralise les tarifs applicables aux auteurs souhaitant publier en accès ouvert dans l’une des revues d’ACS en fonction des titres, domaines, licences et conditions d’embargo appliquées.
ACS poursuit sa politique d’expansion des accords de publication en accès ouvert avec les établissements de recherche. L’éditeur a annoncé mi-mars la reconduction de l’accord signé avec les Universités néerlandaises. Celles-ci s’étaient engagées dans cette voie dès 2016. Des accords similaires viennent par ailleurs d’être signés avec d’autres Universités aux Etats-Unis, à Taiwan, à Chypre et en Turquie.
Le serveur de préprints ChemRxiv accepte désormais les états de l’art. Le périmètre éditorial de ChemRxiv s’étend avec la possibilité pour les chercheurs de soumettre des articles de type review, visant à recenser l’état des connaissances d’un sujet donné, peut-on lire sur le site d’ACS dans un post daté du 8 mars. Les auteurs souhaitant déposer ce type d’articles devront dorénavant cocher “review” et non “working-paper” pour déposer leur pré-print.
Le point de vue d’un astrophysicien sur les pré-prints. Dans un article publié le 18 mars sur le site du Conseil international de la Science, Luke Drury, astrophysicien irlandais, revient sur l’histoire des pré-prints, leurs avantages et inconvénients. Il signale que ce mode de publication permet de raccourcir les délais de mise à disposition des travaux de 7 mois minimum et jusqu’à 2 ans dans certains cas. Accusés de générer des dérives médiatiques lorsqu’ils sont utilisés à mauvais escient, les pré-prints pourraient gagner en crédibilité en bénéficiant d’un premier contrôle assisté par ordinateur. Il s’agirait notamment d’automatiser la détection de faiblesses méthodologiques ou de non-réplicabilité des résultats. Un projet pour lequel les institutions publiques devraient selon lui investir, plutôt que de signer des accords onéreux (dits “accords transformants”) avec les éditeurs commerciaux.
IOP veut privilégier les “accords transformants” pour la publication en accès ouvert. C’est ce qui ressort du rapport annuel de l’éditeur, pour qui les accords transformants signés avec les établissements seraient la voie la “plus efficace” pour assurer la transition vers l’ouverture des publications. Parmi les évolutions mises en avant : la progression de 11% des articles publiés en accès ouvert et le lancement de 7 nouvelles revues en open access. En 2021, la part d’articles librement accessibles est toutefois limitée puisqu’elle concerne seulement 26% des publications.
Vers un entrepôt de données européen en imagerie médicale recourant à l’intelligence artificielle. Financé sur fonds européens, le projet CHAIMELEON ambitionne de lancer d’ici juin 2023 un entrepôt spécialisé en imagerie (MR, CT, PET/CT) et données cliniques associées pour faire avancer le traitement de plusieurs cancers, indique la revue Frontiers in Oncology. L’ajout d’outils d’intelligence artificielle est prévu pour “faciliter l’interprétation, l’extraction et l’exploitation des informations stockées dans l’entrepôt.” Parmi les partenaires impliqués figure notamment le Collège des enseignants en radiologie de France.
Un nouveau moteur de recherche pour les données ouvertes en immunologie. La Plateforme Immunedata, consultable ici et développée par des chercheurs de l’Université du Texas, moissonne et signale les données en immunologie présentes dans 5 entrepôts en ligne. Un article paru le 9 mars dans la revue Database en décrit les objectifs. Les données sont notamment classées en fonction de deux catégories : ‘experimental data’ et ‘knowledge data’.
Modèle diamant
Publication d’un plan d’action européen de soutien au modèle diamant de publication ouverte. L’enjeu prend une envergure européenne avec un plan de soutien publié début mars, préparé par des représentants de la Coalition S, Science Europe, l’infrastructure européenne OPERAS et l’ANR. Pour mémoire, le modèle diamant s’oppose au fonctionnement actuel de la voie dorée puisqu’il renonce au modèle de l’auteur-payeur au profit d’une reprise en main du circuit éditorial par les organismes de recherche et les institutions. Parmi les objectifs visés, la création d’un centre de soutien à la voie diamant d’ici 30 mois et la mise en place d’un instrument financier dédié. Le CNRS a d’ores et déjà annoncé qu’il se ralliait à cette initiative, à l’instar d’une soixantaine d’autres organisations. Une cinquantaine de chercheurs, doctorants, éditeurs et bibliothécaires ont également apporté publiquement leur soutien en signant le formulaire de soutien mis en place.
Les sciences encore minoritaires dans les publications relevant du modèle diamant. L’adoption du plan de soutien au modèle diamant s’accompagne d’une étude publiée en parallèle et coordonnée par Pierre Mounier (projet européen OPERAS). Le recensement des revues de ce type fait apparaître une sous-représentation des sciences dures (22%) et des sciences médicales (17%), au profit des sciences humaines (60%). On dénombrerait environ 356 000 articles publiés sous ce modèle par an environ entre 2017 et 2019, soit 8% environ de l’ensemble des articles scientifiques publiés.
Le CNRS soutient les revues de mathématiques en accès ouvert publiées chez EDP Sciences. Le développement du modèle “Subscribe to open” se poursuit avec le soutien financier du CNRS annoncé par l’éditeur mi-mars. Cet accord consolide la voie d’ouverture choisie par les revues de mathématiques, qui sont librement accessibles tant que suffisamment de bibliothèques s’y abonnent. Le soutien du CNRS participera ainsi au maintien d’un prix d’abonnement raisonnable, indique le communiqué. Un rapport publié le 28 mars et faisant le bilan de ce modèle de publication indique que les abonnements oscillent entre 237 euros et 1562 euros annuels.
Haro sur le modèle diamant. En guise de contrepoint radical, la publication mi-mars d’un rapport parlementaire conduit par l’office d’évaluation des choix scientifiques et techniques. Pour les auteurs, le modèle diamant mettrait en péril l’avenir de l’édition scientifique française et constituerait un risque d’étatisation de l’édition scientifique pour les chercheurs. Le rapport, qui ne s’appuie sur aucune étude d’impact, a notamment suscité la réaction du mathématicien Frédéric Hélein, pour qui “les analyses […] issues du point de vue des rédacteurs sur les SHS sont extrapolées à l’ensemble des sciences, d’une façon qui trahit une ignorance stupéfiante chez les rédacteurs de la situation pour les sciences exactes”. Au-delà du modèle diamant, le rapport aborde d’autres enjeux. Sans s’appesantir sur la question des plateformes pirates, le texte se réjouit néanmoins des poursuites judiciaires engagées à l’encontre de Scihub, notant au passage que la France en est « toutefois le premier pays utilisateur ». Il égratigne également les passeports et guides sur la science ouverte visant à sensibiliser les doctorants, mais dont la tonalité serait trop “militante”.
Enquêtes et études
Lyon 1 : les trois quarts de la production scientifique parue en 2020 sont en accès ouvert. Les disciplines occupant précédemment une position de leaders de la science ouverte continuent de caracoler en tête : la physique et l’astrophysique atteignent 87% d’ouverture, suivies par les mathématiques à 85% et la biologie fondamentale à 83%. Loin derrière avec un taux d’ouverture estimé à 68%, la chimie enregistre néanmoins l’évolution la plus spectaculaire, avec un rattrapage de 22 points. L’ensemble des résultats est consultable ici.
Partage de code : une tâche jugée trop chronophage par les chercheurs. Un préprint publié le 2 mars par des auteurs de PLoS fournit des éléments éclairants sur les pratiques des chercheurs. Près de 40% des chercheurs consultent les scripts associés aux articles fréquemment ou très fréquemment. 35% le font occasionnellement et 25% le font rarement ou jamais. Même s’ils reconnaissent l’utilité de pouvoir consulter le code lorsqu’il est disponible, la plupart s’opposent à l’idée de consacrer du temps à ouvrir leurs propres codes. 64% des chercheurs interrogés refusent d’y passer plus d’un jour. Or, le temps nécessaire estimé est souvent supérieur à un jour, et peut même atteindre plusieurs semaines (voir graphique ci-dessous)
La science ouverte facteur d’aggravation des inégalités ? C’est l’opinion défendue dans un article de la revue Nature paru le 14 mars. Son auteur, Tony Ross-Hellauer qui dirige des travaux sur l’impact de la science ouverte dans le cadre du projet européen ON-MERRIT, plaide pour l’abandon du modèle des APC (auteur-payeur) qui discrimine les pays à faible revenus ou les Universités moins dotées. Une analyse de 37 000 articles publiés dans des revues hybrides et dans des revues entièrement en accès libre a révélé que la diversité géographique des auteurs était beaucoup plus importante pour les articles issus des revues sur abonnement que pour les articles en accès libre. Il ajoute que l’avantage comparatif en termes de taux de citation aura également pour effet de privilégier encore plus les établissements qui sont déjà en position dominante de par leur capacité à financer l’ouverture des articles via le modèle de l’auteur-payeur.
Institutions
Les infrastructures de recherche, futurs bras armés des politiques de science ouverte ? C’est la tendance qui se dessine dans la nouvelle stratégie nationale des infrastructures de recherche, publiée le 8 mars. Dressant l’inventaire de 108 infrastructures (CERN LHC, synchrotron soleil, Institut ILL etc.) réparties dans différentes disciplines et produisant dans leur ensemble plus de 1200 Po de données, le document revient sur les enjeux de stockage, gestion et ouverture des données en établissant une typologie du degré d’avancement des différentes disciplines. La physique nucléaire et des hautes énergies apparaît par exemple en tête de classement (voir graphique). En revanche, les plans de gestion de données sont loin d’être systématisés : 20% des organisations sondées en sont totalement dépourvues, pendant que 41% estiment que cette démarche est en projet. Seuls 18% des infrastructures disposent d’un plan de gestion de données déployé à l’échelle de l’organisme.
L’ANR clarifie les attendus sur les plans de gestion de données. Dans une foire aux questions, l’ANR revient sur les interrogations soulevées par l’introduction des plans de gestion de données depuis 2019. A la question : “Est-ce qu’il existe une obligation à l’ouverture des données ?”, l’ANR répond par la négative. “Le PGD a pour but de préparer la diffusion potentielle des données mais il ne constitue pas une obligation à l’ouverture.” Pour plus de détails sur l’élaboration des plans de gestion de données, vous pouvez consulter la ressource dédiée sur le site de Datacc.
Les agences françaises de financement de la recherche se coordonnent sur les politiques de science ouverte. Dans un communiqué daté du 11 mars, l’ANR, l’ANSES, l’Ademe, l’INCa et l’ANRS indiquent vouloir engager une coopération sur l’ouverture des publications, des données et l’évaluation des projets afin d’harmoniser leurs pratiques.
L’Université Paris Saclay s’engage en faveur d’une évaluation plus juste de la recherche. L’établissement a annoncé le 2 mars s’être ralliée à la Déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche (DORA). Cet ensemble de recommandations mondiales vise à améliorer les méthodes d’évaluation de la recherche et des chercheurs, par la remise en cause du facteur d’impact et la prise en compte de la valeur de toutes les productions scientifiques (jeux de données, logiciels…). 64 institutions françaises dont l’Université Lyon 1 comptent parmi les signataires de la Déclaration qui concerne toutes les disciplines et tous les acteurs de la recherche.
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