Bulletin de veille – Septembre 2021

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L’actualité dans vos domaines 

L’Allemagne soutient l’ouverture des données en physique. Le gouvernement allemand a décidé de financer deux consortiums d’infrastructure nationale de données scientifiques (DAPHNE4NFDI et PUNCH4FNDI), dont l’objectif est de rendre accessibles de manière transparente et permanente les données de recherche issues de la recherche photonique et neutronique ainsi que de la physique des particules, des astroparticules, des hadrons et nucléaires et de l’astronomie. DAPHNE4NFDI se concentre sur la transformation numérique dans le domaine de la recherche sur les photons et les neutrons. L’un des défis consiste à analyser rapidement de grandes quantités de données et à les organiser selon les principes FAIR. Les travaux de PUNCH4NFDI sont consacrés aux nouvelles méthodes de gestion des mégadonnées ainsi que sur les données ouvertes. Une nouvelle plateforme (« Science Data Platform ») sera développée en vue de faciliter leur diffusion.

Lancement d’un prix des données en chimie. Le consortium allemand NFDI4Chem lance un prix des données qui sera attribué en 2022 à l’auteur du jeu de données respectant au mieux les principes “FAIR” (facile à trouver, accessible, interopérable et réutilisable). La récompense est de 500 euros et les candidats doivent être affiliés à une Université ou une Institution allemande. 

Deux prix pour l’ouverture des données. Inscrits dans le deuxième Plan National pour la Science Ouverte annoncé le 6 juillet 2021, deux prix ont été créés pour récompenser des initiatives emblématiques en matière de Science Ouverte. Le prix Science Ouverte Données de la Recherche récompensera les équipes, y compris de jeunes chercheurs, engagées dans des pratiques exemplaires de structuration, description, interopérabilité et de mise en visibilité des données de recherche. Le prix Science Ouverte Logiciel Libre de la Recherche mettra en valeur les projets et les équipes qui ouvrent au développement et à la diffusion des logiciels libres. La soumission des candidatures sera ouverte début octobre 2021 et les deux prix seront remis début février 2022.

9 entrepôts en sciences des matériaux standardisent l’accès à leurs données. Le consortium OPTIMADE pour Open Databases Integration for Materials Design a travaillé au développement d’une API open source et universelle garantissant l’interopérabilité des données entre plusieurs entrepôts. Les requêtes ainsi que les réponses renvoyées par les bases de données sont ainsi unifiées, afin de faciliter la recherche d’informations dans des entrepôts de données différents. Parmi les entrepôts membres du consortium, certains sont décrits en détail sur Datacc : Crystallography Open Database (COD), Materials Cloud, et NoMaD.

Interfacer les instruments de la recherche avec PyMoDAQ. Conçu par un ingénieur de recherche au CEMES (Centre d’élaboration de matériaux et d’études structurales), PyMoDAQ est un logiciel open source permettant de prendre facilement le contrôle d’un instrument via une interface standardisée, comme le signale le CNRS. Le logiciel s’adapte à des environnements expérimentaux variés et donne la possibilité aux non-informaticiens d’automatiser l’acquisition de leurs données en fonction des paramètres qu’ils auront eux-mêmes définis.

ACS et la science ouverte. Dans une interview institutionnelle, le président des publications d’ACS James Milne revient sur les tendances actuelles en matière d’ouverture des publications et des données. Les dépôts de pré-prints dans ChemRxiv ont triplé en 2 ans et la publication d’articles en open access dans les revues de l’éditeur a doublé pendant cette même période. Les “accords transformants”, qui permettent à certains chercheurs de publier en open access en contrepartie d’un accord financier avec leur établissement, a par ailleurs entraîné un bond de 90% des publications relevant de ce dispositif. 

Une mauvaise gestion des données génétiques. Dans un article publié dans la revue PNAS, un groupe international de chercheurs souligne que l’utilisation de pratiques appropriées d’archivage des données génétiques dans des entrepôts en libre accès est d’une importance cruciale afin de favoriser une surveillance de la diversité génétique. Pour évaluer si les données génomiques et les métadonnées spatio-temporelles sont archivées de manière adéquate, ils ont mené une recherche de données accessibles au public dans l’International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). Ils ont trouvé que seul un faible pourcentage des données génomiques déposées incluait les métadonnées spatio-temporelles nécessaires à leur future réutilisation et au suivi de la diversité génétique.

Cahiers de laboratoire électroniques

Les cahiers de labo électroniques au service de la reproductibilité scientifique. “Tout chercheur en laboratoire a déjà connu cette galère. Cette étape de 5 minutes dont il ne pensait pas avoir besoin et qui finit par lui prendre 5 mois, voire 5 ans.” Dans un article publié début septembre, la revue Nature revient sur l’enjeu de la reproductibilité des expériences en proposant 5 pistes d’amélioration : documenter ses expériences au fur et à mesure, fournir plus de figures et moins de texte, utiliser des cahiers de laboratoire électroniques pour harmoniser les modes de description, assurer la traçabilité des substances et partager ses protocoles en ligne pour favoriser le débat avec la communauté.

Du nouveau chez Mbook. La version 3.0 du cahier de laboratoire électronique apporte son lot de nouvelles fonctionnalités. Parmi celles-ci, on retient notamment la possibilité d’exporter la totalité du contenu d’un projet avec ses expériences au format XML et les informations des réactions au format SDF, puis la possibilité de visualiser dans l’ELN les spectres infrarouges. Un nouveau modèle économique sous forme de forfait journalier est également proposé. Le tableau comparatif des ELN proposé sur sur le site de Datacc a été mis à jour en conséquence. Retrouvez ici toutes les informations relatives à cette mise à jour.

eLabFTW dans la recherche préclinique. Un laboratoire allemand de recherche préclinique a mis en avant dans cet article l’utilisation des ELNs et notamment d’eLabFTW dans une démarche d’amélioration de la traçabilité et de la transparence de la recherche au sein leur laboratoire. Lors du choix de la solution, le groupe a privilégié la facilité de prise en main pour les chercheurs, pour une transition douce vers le numérique. Parmi les autres fonctionnalités mises en valeur par le groupe on retrouve la recherche avancée et la création de templates d’expériences. Enfin, le fait que l’outil soit open source était un argument de taille pour éviter la rupture de service si l’éditeur venait à abandonner le logiciel. 

Enseigner la gestion des données de recherche aux étudiants grâce à Chemotion. Financé par le Fonds pour l’industrie chimique allemand, le projet FAIRThesis mené par deux enseignants-chercheurs allemands vise à enseigner les principes FAIR aux étudiants. Le principe : puiser dans les données de recherche issus de stages et de thèses et les téléverser dans le cahier de laboratoire électronique Chemotion afin d’en avoir une version numérique exploitable.

La transition numérique des laboratoires passe par les cahiers de labo électroniques. Discutée pour la première fois au congrès de l’American Chemical Society en 1993, la question des cahiers de labo électroniques fait l’objet de deux chapitres dans un ouvrage publié en juin dernier consacré à la digitalisation des laboratoires. si bien que de plus en plus de laboratoires souhaitent passer à l’électronique. Les auteurs reviennent sur les fonctionnalités clés d’un ELN et proposent également un retour d’expérience à travers l’implémentation de Scinote dans un laboratoire.

Résultats négatifs 

Qu’en pensent les chercheurs en chimie, physique, sciences de l’environnement et sciences de l’ingénieur ? 77% des 310 sondés ayant répondu à notre enquête lancée d’avril à juin 2021 souscrivent à l’idée de portail permettant de signaler et de commenter les résultats issus d’expériences infructueuses. Un chercheur sur trois déclare avoir déjà pris connaissance de travaux doublons menés par d’autres équipes de recherche, aboutissant au même constat d’échec. Tous les détails de l’enquête sont disponibles sous forme de préprint consultable ici.

Étude européenne sur les résultats négatifs. 82% des 96 chercheurs interrogés dans le cadre d’un projet de recherche sur la thérapie à base d’ARN indiquent que le partage de résultats négatifs serait souhaitable. Néanmoins, une proportion équivalente (86%) n’a jamais eu l’occasion de le faire. L’article propose quelques recommandations pour faire évoluer cette situation.

Section dédiée aux résultats négatifs dans le Journal of Neuromuscular Diseases. Afin d’inaugurer la nouvelle section dédiée aux résultats négatifs appelée “the null hypothesis stands”, le prochain numéro du journal sera consacré exclusivement à des articles rentrant dans cette catégorie. 8 articles ont déjà été évalués et acceptés pour une parution prochaine. 

Edition scientifique

Scihub fête ses 10 ans. A l’initiative du média en ligne Grand labo, un échange a eu lieu le 7 septembre avec la fondatrice de Scihub, Alexandra Elbakyan, à l’occasion des 10 ans de la plateforme pirate. L’utilisation de SciHub est particulièrement intense en Chine, Inde et Brésil a-t-elle signalé. Les articles les plus consultés sont issus des sciences médicales, sciences de l’ingénieur et biochimie. A l’avenir, la chercheuse, qui explique être inscrite en thèse tout en étant rémunérée en bitcoins, compte développer Scihub en recourant à l’intelligence artificielle et la recherche par mots-clés. Poursuivie en justice par les éditeurs privés qui ont engagé des recours, elle doit normalement répondre à une audience le 7 octobre.  

Les pré-prints dans la tourmente. Si ChemRxiv fête ses 4 ans, indiquant que plus la moitié des dépôts avait été acceptée dans des revues à haut facteur d’impact, les pré-prints traversent en parallèle une période de turbulences. De jeunes chercheurs australiens ont ainsi découvert à leurs dépens que citer un préprint dans un dossier de candidature à un appel à projet du Conseil australien de la recherche entraînait leur élimination immédiate. Depuis 2020, l’avènement du Covid a dopé les dépôts de pré-prints (ainsi que leur écho médiatique, parfois hasardeux), avec plus de 10 000 articles sur le sujet recensés sur BioRxiv et MedRxiv pendant les 10 premiers mois de la pandémie (soit l’équivalent du nombre de pré-prints déposés sur ChemRxiv en 4 ans.) “La pandémie a révélé combien l’information contenue dans un pré-print échappait au contrôle des chercheurs à partir du moment où il est posté en ligne”, indique la journaliste scientifique Maggie Koerth dans un article consacré au sujet. 

Nouvelles revues chez IOP. Neuromorphic Computing and Engineering (NCE), la nouvelle revue en libre accès d’IOP Publishing, les livre ses premiers articles. Il s’agit d’une revue multidisciplinaire en libre accès consacrée à la conception, au développement et à l’application de réseaux de neurones artificiels et de systèmes inspirés du cerveau. Tous les frais de publication d’articles en libre accès sont actuellement payés par IOP Publishing jusqu’en 2022. Par ailleurs, une nouvelle revue trimestrielle en open access, Materials Futures, éditée par IOP Publishing et le Songshan Lake Materials Laboratory (SLAB), traite des questions liées à la synthèse et au traitement des matériaux, à leur caractérisation, au calcul, aux techniques expérimentales dans des domaines allant des métaux et des céramiques aux matériaux énergétiques, aux matériaux quantiques et aux biomatériaux.

Exploration : une nouvelle revue en open-access chez Wiley. L’éditeur annonce le lancement d’une nouvelle revue baptisée Exploration spécialisée dans les recherches en nanotechnologies relevant de la physique, chimie et biologie. Les auteurs sont dispensés de frais de publication jusqu’en 2023. Au-delà, le prix affiché est de 4500$. 

Sciences de l’énergie en libre accès. Dans le cadre du projet de fournir des offres élargies en libre accès dans le portefeuille de revues Physical Review, l’American Physical Society lance un nouveau journal des sciences de l’énergie : PRX Energy. La revue se concentre sur la publication en libre accès de travaux sur les sources d’énergie, le stockage et l’utilisation. Les soumissions seront acceptées à partir de la fin de l’été 2021 avec les premiers articles publiés à l’automne.

Annulation des APC pour pays à faibles revenus. À partir de juillet 2021, les chercheurs des pays considérés comme étant à faibles revenus par la Banque Mondiale, peuvent bénéficier de la publication en libre accès sans APC dans toutes les revues d’IOP Publishing. 

Etudes et débats

Falsifier ou fabriquer des données. Le revue Nature aborde la question de la bonne conduite dans la recherche scientifique, à travers une enquête anonyme réalisée par Gowri Gopalakrishna, chercheur à l’Université d’Amsterdam, qui avait fait l’objet d’une publication en juillet 2021 sur le serveur preprint MetaArXiv. 8% des chercheurs ayant participé à l’enquête ont avoué avoir falsifié et/ou fabriqué des données au moins une fois entre 2017 et 2020. De plus, les doctorants, les post-doctorants et les professeurs juniors étaient parmi les plus susceptibles d’admettre avoir participé à des “pratiques de recherche douteuses”. 

Quelle valeur les chercheurs accordent-ils aux données ? C’est la question abordée dans un article publié par Violaine Rebouillat (Lyon 1) dans la revue Les Enjeux de l’information et de la communication. La position des chercheurs interrogés, issus de plusieurs disciplines (chimie, sciences de l’ingénieur, neurosciences, etc.) est analysée en fonction de plusieurs facteurs de variation : coût de production de la donnée concernée, statut du chercheur et politiques des éditeurs. Des témoignages éclairants et des cas concrets enrichissent le propos. 

Réutilisation des données de recherche d’un article à l’autre. Dans la revue The Journal of Academic Librarianship, des bibliothécaires de l’Université de l’Illinois présentent leur travail d’enquête sur les pratiques de partage et de réutilisation des données publiées dans des revues scientifiques très citées. L’objectif du projet était de déterminer si les données de recherche d’une publication initiale ont été réutilisées dans des publications ultérieures. Sur l’ensemble des disciplines concernées (physique, chimie, sciences informatiques, médecine etc), un tiers des articles ont fait l’objet d’une réutilisation des données associées. 

Quelle politique de science ouverte pour quelle évaluation ? Dans un article publié sous forme de préprint, Iain Hrynaszkiewicz, directeur d’Open Research Solutions de PlosOne, présente les résultats d’une enquête complétée par 122 universités et agences de financement de la recherche, principalement en Europe et Amérique du Nord. La moitié des répondants déclarent avoir déjà évalué les pratiques de science ouverte des chercheurs et 78% confirment vouloir le faire à l’avenir. Ces objectifs se heurtent néanmoins au fait que les éditeurs sont encore peu désireux d’imposer le partage des données et acceptent que les auteurs ne les mettent pas en ligne par défaut mais les rendent disponibles ponctuellement “sur demande”. Peu de chercheurs à ce jour déposent leurs données dans les entrepôts disponibles en ligne. L’article signale toutefois que 30% des articles publiés dans les revues de PLOS incluent des liens vers des jeux de données versés dans des entrepôts. 

FAIR pour les logiciels scientifiques. Un atelier proposé fin juin par RDA France (Research Data Alliance France) et animé par Morane Gruenpeter (Software Heritage) s’est concentré sur l’adaptation des principes FAIR aux logiciels de recherche. Ces derniers sont-ils pertinents dans le cas des logiciels ? Est-ce-que leur archivage devrait faire partie des principes FAIR ? Le débat reste ouvert. 

Institutions

Bilan et avenir du plan national pour la science ouverte. Le taux d’ouverture des publications a progressé de 41% à 56% en France, selon le bilan tiré du plan national pour la science ouverte en juillet dernier. A cette occasion, un 2e plan national pour la science ouverte a été annoncé pour les années à venir : lancement de la plateforme nationale pour les données de la recherche, budget de 15 millions d’euros par an destiné à la science ouverte, politique de valorisation et d’accès aux codes et aux algorithmes et objectif d’atteindre 100% de publications ouvertes dès 2030.

La transition vers la science ouverte : quels coûts et quels modèles ? Dans un article publié fin août, la revue La Recherche revient sur les changements à l’œuvre dans l’édition scientifique, en brossant l’évolution des politiques des éditeurs et des agences de financement de la recherche. L’article revient notamment sur les accords commerciaux passés entre les éditeurs et les Universités, à l’instar de l’Université de Californie, dont les chercheurs peuvent publier en open access chez Elsevier en contrepartie d’un contrat (“accord transformant”) d’un montant de 13 millions de dollars.  

Note d’analyse des APC de l’Université de Lorraine 2019/2020. Cette courte note identifie 5 tendances importantes qui se dégagent de l’analyse des dépenses d’APC en 2019 et 2020: 1) La poursuite et l’amplification de la hausse du montant global de dépenses d’APC ; 2) Une accélération de la hausse du prix unitaire des APC ; 3) Une hausse de la dépense dans les revues hybrides ; 4) Une augmentation considérable de la part de certaines maisons d’édition ; 5) Les premiers effets visibles des accords dits transformants. Vous pouvez trouver ici plus de détails sur l’analyse.

Découvrez la page dédiée à la science ouverte de l’ERC. La science ouverte s’inscrit désormais pleinement dans les programmes de financement de la recherche accordés par l’ERC (Conseil européen de la recherche). Cette page clarifie les attendus en matière d’ouverture des publications et des données de recherche dans le cadre d’Horizon Europe, et précise les possibilités d’allocation du financement ERC aux coûts de publication et de stockage des données de recherche.

Formation OpenAire 2021. Le 2 juillet dernier a eu lieu une visioconférence concernant OpenAIRE, un projet européen sur la science ouverte. Cet atelier avait pour but de présenter à la communauté scientifique française les services offerts par le projet OpenAIRE-Nexus. Des retours d’expérience de chercheurs utilisateurs ont été proposés :  Amnesia, un service d’anonymisation des données de recherche sensibles conforme avec le RGPD ; Argos, un service qui permet la création de plans de gestion des données automatisés ; Épisciences, une plateforme paneuropéenne d’épirevues où les communautés de recherche peuvent créer et gérer des revues open access; Community dashboard, des tableaux de bord personnalisés au service des communautés de recherche avec des pratiques de science ouverte intégrées dès la conception.

Charte et feuille de route science ouverte à l’Université de Lille. L’université de Lille a actualisé sa feuille de route pour la Science Ouverte en juillet dernier. Le document comprend 5 piliers déclinés en 22 actions : ouverture des publications et des données scientifiques, édition scientifique ouverte, recherches participatives, engagement de l’université dans l’écosystème global de la Science Ouverte. Parmi elles, on peut noter l’accompagnement des porteurs de projets dans l’élaboration et la mise en œuvre du plan de gestion de données tout au long du projet, le renforcement du dispositif de formation la “Fabrique de la Science Ouverte” ou encore la généralisation du lien entre publications et jeux de données associés.

Elaborer des ressources disciplinaires sur la gestion des données. DoRANum, qui propose des outils d’autoformation à la gestion des données de la recherche, souhaite davantage adapter ses contenus aux différentes pratiques disciplinaires : l’équipe propose aux chercheurs, doctorants et post-doctorants de participer au comité scientifique pendant un an et ainsi contribuer à à l’élaboration de nouveaux contenu. Les candidatures sont attendues d’ici le 20 octobre 2021. Pour plus d’information : equipe.doranum@inist.fr.

Les personnalités du mois

Médaille d’or 2021 du CNRS au physicien Jean Dalibard. Cette année, la médaille d’or du CNRS a été décernée à Jean Dalibard, physicien et pionnier de l’étude de la matière quantique ultra-froide. Il est reconnu comme l’un des chefs de file du domaine des gaz quantiques. On lui doit notamment le principe du piège magnéto-optique, un outil pour confiner les atomes tout en les refroidissant. 

Une astrophysicienne reçoit la médaille Copley. Décernée par la Royal Society de Londres, la médaille Copley a été décernée cette année à Jocelyn Bell Burnell pour ses travaux sur les pulsars. Astrophysicienne britannique, elle est seulement la seconde femme à obtenir cette gratification depuis la naissance du prix. Ses travaux sur les pulsars ont, en effet, marqué un tournant majeur pour l’astrophysique du XX^e siècle.

Médiation scientifique : un physicien récompensé. Jean-Michel Courty, professeur à Sorbonne Université depuis 2003, a été distingué par la médaille de la médiation scientifique du CNRS. Fortement engagé dans la transmission du savoir et dans la diffusion largement les connaissances scientifiques, il est impliqué dans plusieurs projets de médiation scientifique. On peut citer notamment la chronique mensuelle « Idées de Physique » dans la revue Pour la Science, dans laquelle il décrypte les lois de la physique à travers des phénomènes simples en les incarnant par des objets du quotidien. Il a aussi lancé sa propre chaîne YouTube, Merci la Physique, en présentant des expériences reproductibles à la maison.

Mort de Steven Weinberg. Le physicien américain a été l’un des plus grands théoriciens de la physique des particules. Lauréat du prix Nobel en 1979, à qui l’on doit aussi des travaux dans la cosmologie et la gravitation quantique, il s’est éteint le 23 juillet, à l’âge de 88 ans, à Austin.