Bulletin de veille – Juin 2021
- L’actualité dans vos domaines
- Cahiers de laboratoire électroniques
- Etudes sur la science ouverte
- Institutions
- Evaluation des chercheurs
L’actualité dans vos domaines
Accord entre ACS et l’Espagne pour publier en accès ouvert. L’éditeur a annoncé le 17 juin la conclusion d’un accord permettant aux chercheurs d’une cinquantaine d’établissements espagnols de publier en accès ouvert (2665 articles concernés) dans des revues hybrides ou exclusivement en open access.
Faciliter le partage de protocoles. Par souci d’améliorer la reproductibilité des expériences, le site protocols.io a été présenté ce mois-ci par la revue Plos ONE. L’outil permet de rendre accessibles les protocoles des expériences afin de les faire évaluer par les différentes communautés de chercheurs (dont celles de physique et chimie) permettant ainsi leur évaluation et leur amélioration. Le site permet également une mise en ligne facilitée sur la revue Plos ONE avec la possibilité de rajouter un lien protocols.io directement lors de la publication. SI vous souhaitez en savoir plus sur ce site, vous pouvez retrouver sa présentation ici.
Une plateforme de machine learning sur la découverte de matériaux. La nouvelle plateforme Hadoken Materials, actuellement disponible en version bêta, est décrite dans un article du Journal of Cheminformatics. Cette plateforme se présente comme un outil de prédiction de propriétés d’une large gamme de matériaux. Les données sont collectées via un agrégateur et stockées dans une base de données relationnelle.
Faciliter le partage des données en géosciences. Dans la revue Data Science Journal, Gregory Giuliani, chercheur à l’Université de Genève, revient sur l’entrepôt ‘Swiss Environmental Earth Observations (SwissEnvEO), qui s’efforce de respecter les principes des données dites “FAIR”.
Le premier prix Ma thèse en 180 secondes sur l’analyse de données en RMN. Choisi et par le jury et par les internautes parmi 16 finalistes, Paul Dequidt (Université Poitiers/CNRS/Université de Limoges) réalise une thèse portant sur l’Analyse de données RMN multimodales par intelligence artificielle pour la discrimination binaire du grade du gliome. L’objectif est de pouvoir détecter et diagnostiquer rapidement l’état d’avancement de tumeurs cérébrales sur de jeunes patients grâce à l’intelligence artificielle. Paul représentera la France pour la finale internationale de « Ma thèse en 180 secondes ».
Les noms des composés chimiques : polysémie ou confusion ? Un article de Chemistry World revient sur les différentes manières de désigner une substance, en prenant l’exemple de l’acide caprique, également appelé acide décanoïque. Retraçant l’histoire des règles de nommage et leur évolution, depuis les contributions des chimistes français Louis-Bernard Guyton de Morveau et Auguste Laurent, jusqu’à la nomenclature IUPAC, l’auteur conclut que malgré les efforts de standardisation, les chimistes continueront d’utiliser les noms qui leur conviennent.
EDP Sciences ouvre les publications de 6 de ses revues en mathématiques. A la suite de l’annonce faite le mois dernier, tous les nouveaux articles acceptés dans une de leurs six revues de mathématiques seront désormais en accès ouvert. Le modèle utilisé par EDP Sciences est celui du subscribe-to-open : l’éditeur garantit la mise en ligne des publications en open access sans paiement d’APC par les chercheurs seulement si les abonnements aux revues sont maintenus d’une année sur l’autre.
Cahiers de laboratoire électroniques
Un nouveau cahier de laboratoire électronique s’ajoute à notre typologie. Adopté par l’Institut Pasteur et la Harvard Medical School qui l’a mis en test, eLabJournal est un outil multidisciplinaire qui sait s’adapter. L’API ouverte permet l’interconnexion avec un système d’information local et le Software Development Kit permet d’ajuster des fonctionnalités ou d’en développer de nouvelles. L’outil peut être installé localement afin d’assurer la sécurité des données. Vous retrouverez sa description ici.
RSpace, un cahier de laboratoire électronique pour la traçabilité des échantillons. La branche américaine de la Research Data Alliance a organisé le 30 juin un webinaire visant à sensibiliser les chercheurs aux problèmes que peuvent poser la documentation des échantillons d’expériences. Trop souvent peu, voire mal documentés, leur traçage dans le temps est souvent aléatoire, ce qui peut compromettre la reproduction d’expériences. Pour corriger ce problème, le cahier de laboratoire électronique RSpace a été présenté lors de ce webinaire. Cet outil permet un suivi des échantillons dans le temps, ainsi que l’attribution d’un DOI à ces derniers.
Enquête sur l’utilisation des “computational notebooks” et des environnements de recherche virtuels. Lancée par l’Office International de Technologie, la plateforme ELIXIR ainsi que l’Université d’Holloway, cette enquête a pour but d’interroger les pratiques des chercheurs sur leur utilisation d’outils informatiques tels que Jupyter Notebook dans leur quotidien. L’enquête sera clôturée le 15 septembre.
Etudes sur la science ouverte
Explosion des coûts liés aux frais de publication. Un preprint rédigé par une équipe de chercheurs de l’Université d’Ottawa s’intéresse à l’évolution des frais de publication (APC) appliqués par plusieurs milliers de revues issues du Directory of Open Access Journal sur la période allant de 2011 à 2021. Conclusion : les auteurs constatent une augmentation substantielle des tarifs appliqués, certaines revues avec un haut facteur d’impact affichant une progression de 186% (hors inflation) des APC en 10 ans.
Publication en open access : le rôle des sociétés savantes à repenser. Dans un préprint publié le 7 juin, Marc Brysbaert, chercheur à l’Université de Gand, revient sur les mutations de l’édition scientifique. Il estime que le coût des frais de publication par article pourrait être acceptable s’il ne dépassait pas 1000 $, afin de couvrir les coûts de d’édition, d’hébergement, de dissémination dans les bases de données et d’archivage pérenne. Il considère par ailleurs que l’édition scientifique devrait être aux mains de sociétés savantes dirigées par des chercheurs, seule condition pour que le principe du progrès scientifique et de l’accès au savoir soit le motif principal des sociétés d’édition.
Le partage des protocoles d’expérience, meilleur moyen d’améliorer la reproductibilité. C’est ce qu’indique une étude publiée dans la revue Remedial and Special Education, qui a interrogé des chercheurs responsables de revues. Près de 90% d’entre eux citent le partage des protocoles et des instruments dans des entrepôts en ligne comme le moyen le plus efficace d’augmenter la crédibilité de la recherche.
Sensibiliser les étudiants à l’Open Science dès les études supérieures. C’est ce qu’affirme cet article (encore en preprint) d’un professeur de linguistique de l’Université de Hawaï. L’article propose 4 niveaux de contenus, plus ou moins approfondis selon l’objectif poursuivi. L’étape ultime selon lui consisterait à veiller à ce que les étudiants maîtrisent le langage R. Publier les scripts en R permettra à terme aux évaluateurs des articles de vérifier (et de potentiellement corriger) les résultats, estime-t-il.
Science Capsule – un logiciel pour enregistrer le cycle de vie des données. Le Journal of Open Source Software revient sur le projet développé par le Laboratoire national de Berkeley baptisé Science Capsule. Ce logiciel open source a pour but d’améliorer la reproductibilité scientifique dans les sciences computationnelles à chaque étape du processus scientifique. Il permet d’enregistrer non seulement des données, mais également les métadonnées de l’expérience, les scripts de pré-traitement, etc.
Institutions
De moins en moins de doctorants en France. Deux notes statistiques publiées en mai et en juin 2021 par le Mesri reflètent le déclin de l’attractivité de la thèse en France. D’une part, le nombre de soutenances a chuté de 15% en 2020. En chimie et en physique, l’affaiblissement est encore plus marqué, affichant respectivement -18,7% et -16,2%. « Le fait d’être restés chez eux durant les confinements, d’avoir eu le temps de sortir la tête du guidon, a peut-être poussé certains doctorants à prendre conscience du fait que ce n’était pas vraiment ce qu’ils voulaient faire », estime Stéphane Daniele, directeur de l’école doctorale de chimie de Lyon 1, cité dans un article du Monde. D’autre part, la tendance baissière du nombre d’inscrits en thèse se poursuit depuis plus de 10 ans, avec une contraction supplémentaire de 2,3% en 2020.
Publier en accès ouvert : à quel prix ? L’Université de Lyon 1 vous dit tout. La BU de Lyon 1 a récemment lancé le site “Open Access et Frais de Publication”, accessible aux chercheurs affiliés à l’Université. L’outil permet en un clic d’identifier le coût des frais de publication pour les 15 000 revues recensées, en fonction des accords passés avec les éditeurs.
L’Université de Lorraine va lancer son entrepôt de données “Dorel”. Actuellement testée par 16 laboratoires, la plateforme sera officiellement mise en place à l’automne. Cette annonce intervient en parallèle de l’adhésion de l’établissement à Dora, déclaration sur l’évaluation des chercheurs. Par ce biais, l’Université “s’engage à élargir le champ des productions de la recherche qui seront valorisées pour l’évaluation : au-delà des publications, les données de la recherche, mais aussi, par exemple, les logiciels.”
CEA et Science ouverte. Le CEA a publié ce mois-ci son baromètre de la science ouverte. Un peu plus de 66% des publications de l’organisme datant de 2019 sont ainsi disponibles en accès ouvert aujourd’hui. Un score supérieur à la moyenne nationale de 10 points. La publication de ces résultats fait suite à l’adoption de la charte pour la science ouverte que le CEA a signée fin mai dernier. Dans ce document décliné en 5 points, le CEA déconseille le paiement de frais de publication (APC) dans des revues hybrides, privilégiant le versement de ces derniers au profit des revues uniquement en accès ouvert. Il autorise également l’utilisation des réseaux sociaux scientifiques (tels que ResearchGate ou Academia) à des fins de communication entre chercheurs uniquement et non à des fins d’archivage. Il recommande enfin la généralisation des plans de gestion des données pour tous les projets de recherche.
Vers un soutien financier aux entrepôts souhaitant être labellisés. Le Comité pour la science ouverte s’engage à prendre en charge les frais administratifs engagés à l’occasion d’une demande de certification Core Trust Seal des entrepôts de données basés en France. Ce label atteste que la plateforme répond à une série de critères qualité (modération des dépôts, archivage pérenne des données etc). Les soutiens financiers pourront être accordés à partir de juillet 2021. Pour en savoir plus, consultez le site du CoSO.
Retour sur Pl@Ntnet, une application de science participative. Développée en partenariat avec l’IRD, l’INRIA, le CIRAD et l’IRD en 2009, l’application compte aujourd’hui deux millions d’utilisateurs, entre 300 000 et 600 000 utilisateurs par jour, 34 000 espèces de plantes recensées et 50 To de données récoltées à travers le monde entier a signalé Pierre Bonnet, coordinateur de l’équipe Pl@ntnet, à l’occasion des journées Casuhal qui se sont tenues en juin 2021. Les photos de plantes sont analysées grâce à un algorithme d’apprentissage qui propose des résultats basés sur les données préexistantes.
Évaluation des chercheurs
L’Université d’Utrecht abandonne le facteur d’impact et le h-index comme critères d’évaluation des chercheurs. A partir de 2022, cette université néerlandaise adoptera une autre méthode, fondée sur “l’engagement des chercheurs en faveur de la science ouverte”, rapporte Nature. “Chaque département devra développer ses propres systèmes et stratégies pour identifier les chercheurs qui contribuent le plus à leur domaine.” L’établissement se positionne en pionnière, estimant que cette prise de risque sera atténuée par le fait que d’autres Universités vont lui emboîter le pas. Sur son compte Twitter, le directeur général délégué à la Science du CNRS, Alain Schuhl, a salué la démarche.
Le peer-review rémunéré : une fausse bonne idée ? Un article du site The Scholarly Kitchen s’est intéressé ce mois-ci à la question de la rémunération des chercheurs lors du processus du peer-reviewing. Tâche peu valorisée et pourtant chronophage, la question d’une éventuelle rémunération se pose. Néanmoins, l’article met en garde contre les éventuelles répercussions sur l’édition scientifique : augmentation du prix de publication de la part des éditeurs et source éventuelles de dérives éthiques si les auteurs maximisent la quantité d’articles peer-reviewés au détriment de la qualité de ces évaluations. Le problème reste donc encore entier.
Évaluation des articles : l’identité des relecteurs de plus en plus divulguée. Une étude française publiée dans la revue COSSI a récemment réalisé un état de l’art sur les différentes modalités de peer-review. Elle s’est plus particulièrement concentrée sur la pratique de “l’open” peer-reviewing, méthode où le nom des relecteurs est connu. Pratique minoritaire il y a quelques années (13% seulement de chercheurs s’y déclaraient favorables en 2008), adoptée par quelques revues isolées à l’instar d’ Atmospheric Chemistry and Physics en 2001, l’évaluation non-anonyme connaît désormais un certain essor. Le nombre de revues ayant adopté ce modèle de peer-review a ainsi quasiment triplé de 2017 à 2019 en passant de 247 à 618, selon une estimation basée sur un échantillon de revues signalées dans le DOAJ.
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